文献

J-GLOBAL ID：202202276895882603   整理番号：22A1025630

実験と組み合わせたバイオインフォマティクス解析は,腫瘍微小環境との相互作用を介して肝細胞癌の潜在的な予後バイオマーカーとしてのPUDPを予測する【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics Analysis Combined With Experiments Predicts PUDP as a Potential Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma Through Its Interaction With Tumor Microenvironment

著者 (7件)： Yu Jiahao (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Zhang Weirui (2Department of Biomedical Engineering, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Ding Dawei (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Hu Yinan (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Guo Guanya (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Wang Jingbo (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China) ,  Han Ying (1State Key Laboratory of Cancer Biology, Xijing Hospital of Digestive Diseases, The Fourth Military Medical University, Xi’an, China)
資料名： Frontiers in Oncology (Web)  (Frontiers in Oncology (Web))
巻： 12  ページ： 830174  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7089A  ISSN： 2234-943X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 肝細胞癌(HCC)は,世界で死亡する腫瘍の1つであり,予後不良に悪名である。偽ウリジンがいくつかの癌の開始と進行において鍵となる機能を実行するというエビデンスが増えている。以前の研究は,プソイドウリジン5′-ホスファターゼ(PUDP)が結腸直腸癌の新しい予後バイオマーカーである可能性を示した。しかし,過去に,PUDPにはほとんど注意が払われておらず,癌におけるその機能と役割についてはまだ明らかではない。本研究では,PUDP発現および予後の汎癌分析を,最初に癌ゲノムアトラス(TCGA)および遺伝子型-Tissue発現(GTEx)データを用いて行い,PUDPがHCCに対する潜在的癌遺伝子である可能性があることを見出した。次に,PUDPに寄与する最も可能性のある上流マイクロRNAを,発現分析,相関分析,および生存分析によってlet-7c-5pとして同定した。その後,単一細胞RNA配列決定(scRNA-seq)の結果は,PUDPが悪性細胞上で有意に高度に発現することを示した。加えて,PUDPと腫瘍免疫細胞浸潤,免疫細胞のバイオマーカー,および免疫チェックポイント発現の間には,特にT細胞調節(Treg),骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC),癌関連線維芽細胞(CAF)のような腫瘍促進免疫細胞で有意な正の相関がある。さらに,3つの遺伝子座のメチル化レベルはPUDP発現と正相関し,4つの遺伝子座は負相関した。著者らのセンターで治療されたHCC患者からの15対のHCCと正常な隣接組織を用いて,バイオインフォマティクス分析の結果を検証し,実験の結果はバイオインフォマティクス分析に類似していた。本研究は,高いPUDP発現を有するHCC患者が免疫療法から恩恵を受ける可能性が低く,さらに,PUDPと抗癌剤の間の関係を検討した。最後に,PUDPの臨床的関連性を検討し,HCC患者の独立危険因子としてPUDPを同定し,外部検証を行うために国際癌ゲノムコンソーシアム(ICGC)データを用いた予後モデルを作成した。まとめると,著者らの研究は,PUDPの高発現が予後不良と免疫療法に対する低い応答を示唆し,HCCの治療と予後への新しい洞察を提供することを示した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  メチル化 ,  抗腫瘍薬 ,  *腫瘍 ,  免疫療法 ,  *予後 ,  癌遺伝子 ,  *肝細胞癌 ,  アンチセンスRNA ,  *バイオマーカー ,  危険因子 ,  腫瘍免疫 ,  制御性T細胞
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  予後不良 ,  免疫細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： HCC ,  PUDP ,  生物情報学 ,  予後 ,  腫瘍微小環境

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (57件)：

• El-Serag HB. Hepatocellular Carcinoma. New Engl J Med (2011) 365(12):1118-27. doi: doi: 10.1056/NEJMra1001683
• Sung H, Ferlay J, Siegel RL, Laversanne M, Soerjomataram I, Jemal A, et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J Clin (2021) 71(3):209-49. doi: doi: 10.3322/caac.21660
• Vandenbulcke H, Moreno C, Colle I, Knebel JF, Francque S, Sersté T, et al. Alcohol Intake Increases the Risk of HCC in Hepatitis C Virus-Related Compensated Cirrhosis: A Prospective Study. J Hepatol (2016) 65(3):543-51. doi: doi: 10.1016/j.jhep.2016.04.031
• Chen Y, Tian Z. HBV-Induced Immune Imbalance in the Development of HCC. Front Immunol (2019) 10:2048. doi: doi: 10.3389/fimmu.2019.02048
• Huang DQ, El-Serag HB, Loomba R. Global Epidemiology of NAFLD-Related HCC: Trends, Predictions, Risk Factors and Prevention. Nat Rev Gastroenterol Hepatol (2021) 18(4):223-38. doi: doi: 10.1038/s41575-020-00381-6

タイトルに関連する用語 (8件)： 実験 ,  バイオインフォマティクス解析 ,  腫瘍微小環境 ,  相互作用 ,  肝細胞癌 ,  予後 ,  バイオマーカー ,  予測