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J-GLOBAL ID：202202277361979152   整理番号：22A1019920

プローブインタフェイス:細胞外電気生理学におけるプローブハンドリングのための統一フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

ProbeInterface: A Unified Framework for Probe Handling in Extracellular Electrophysiology

著者 (4件)： Garcia Samuel (Centre de Recherche en Neuroscience de Lyon, CNRS, Lyon, France) ,  Sprenger Julia (Institut de Neurosciences de La Timone, CNRS & Aix-Marseille University, Marseille, France) ,  Holtzman Tahl (Cambridge Neurotech, Cambridge, United Kingdom) ,  Buccino Alessio P. (Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, Zurich, Switzerland)
資料名： Frontiers in Neuroinformatics (Web)  (Frontiers in Neuroinformatics (Web))
巻： 16  ページ： 823056  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7084A  ISSN： 1662-5196  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 神経プローブとしてより一般的に知られている,細胞外多チャンネル電極アレイを貫通するニューロン活性を記録することは,ニューロン活性を調べる最も広範囲に及ぶアプローチの1つである。利用可能な細胞外プローブ設計が豊富であるにもかかわらず,スパイクソーティングソフトウェアによって要求されるように,電極チャネル次数と相対幾何学のマッピングの時間消費プロセスは,エンドユーザに常に残されている。その結果,この手動プロセスは誤マッピング誤りを起こしやすく,望ましくないスパイクソーティング誤差と非効率性をもたらす。ここでは,細胞外神経記録の分析のためのスパイクソーティングの前にプローブマッピングの手動段階を除去することにより,神経プローブメタデータ記述を統一することを目的とするオープンソースプロジェクトである,プローブインターフェイスを紹介した。プローブインターフェイスは,最初にすべてのPython APIであり,ユーザが,任意の必要な複雑性レベルでプローブとプローブグループを作成,可視化することを可能にする。第2に,プローブインターフェースは,通常,記録プローブ,ヘッドステージ,アダプター,および取得システムの使用を含む,任意の特定のデータ取得セットアップのための再現可能な方法で,包括的配線記述の生成を容易にする。第3に,プローブメーカーと協調して,利用可能なプローブのオープンライブラリーを編集し,Python APIを用いて実行時間でダウンロードできる。最後に,プローブインタフェースを用いて,FAIRプローブ記述のためのすべての必要な情報を含むプローブ処理のためのファイルフォーマットを定義し,神経科学における他のオープン標準と互換性があり,補完する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 幾何学 ,  互換性 ,  ニューロン ,  配線 ,  記録 ,  *細胞 ,  可視化 ,  ソーティング ,  生産者 ,  ソフトウェア ,  神経科学 ,  データ収集
準シソーラス用語： 電極アレイ ,  Python ,  オープンソース , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 細胞外電気生理学 ,  オープンソースソフトウェア(OSS) ,  神経プローブ ,  Python(プログラミング言語) ,  再現性

分類 (4件)： 生体計測  (EL03020C) ,  固体デバイス製造技術一般  (NC03030V) ,  医療用機器装置  (GA05020L) ,  神経の基礎医学  (GN01020W)

引用文献 (20件)：

• Buccino A. P., Einevoll G. T. (2020). Mearec: a fast and customizable testbench simulator for ground-truth extracellular spiking activity. Neuroinformatics 19:1-20. doi: 10.1007/s12021-020-09467-7
• Buccino A. P., Hurwitz C. L., Garcia S., Magland J., Siegle J. H., Hurwitz R., et al. (2020). Spikeinterface, a unified framework for spike sorting. Elife 9:e61834. doi: 10.7554/eLife.61834
• Chung J. E., Magland J. F., Barnett A. H., Tolosa V. M., Tooker A. C., Lee K. Y., et al. (2017). A fully automated approach to spike sorting. Neuron 95, 1381-1394. doi: 10.1016/j.neuron.2017.08.030
• Diggelmann R., Fiscella M., Hierlemann A., Franke F. (2018). Automatic spike sorting for high-density microelectrode arrays. J. Neurophysiol. 120, 3155-3171. doi: 10.1152/jn.00803.2017
• Frey U., Egert U., Heer F., Hafizovic S., Hierlemann A. (2009). Microelectronic system for high-resolution mapping of extracellular electric fields applied to brain slices. Biosens. Bioelectron. 24, 2191-2198. doi: 10.1016/j.bios.2008.11.028

タイトルに関連する用語 (2件)： 電気生理学 ,  フレームワーク