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J-GLOBAL ID：202202277898868417   整理番号：22A0965941

Artemisia tangutica(キク科)の短および長読み取り葉緑体ゲノム集合および系統発生学【JST・京大機械翻訳】

Short and long reads chloroplast genome assemblies and phylogenomics of Artemisia tangutica (Asteraceae)

著者 (11件)： Yu Jingya (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Yu Jingya (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Xia Mingze (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Xia Mingze (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Wang Yongcui (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Chi Xiaofeng (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Xu Hao (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Xu Hao (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Chen Shilong (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Zhang Faqi (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology & Institute of Sanjiangyuan National Park, Chinese Academy of Sciences, Xining, China) ,  Zhang Faqi (Qinghai Provincial Key Laboratory of Crop Molecular Breeding, Xining, China)
資料名： Biologia  (Biologia)
巻： 77  号： 4  ページ： 915-930  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4097A  ISSN： 1336-9563  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確な葉緑体ゲノムは,系統発生,種進化および資源保存におけるその利用の基礎である。ここでは,Artemisia tangutica Pamp.の葉緑体ゲノムを配列決定し,IlluminaとPacBioで組み立てた。PCR検証の後,ハイブリッド組立結果は,最も正確な葉緑体ゲノムを生み出して,短い読取りだけの組立結果および長い読取りは,異なる漂白を示した。A.tanguticaの葉緑体ゲノムは,151,140bpであり,大きな単一コピー(LSC,82,885bp),小さな単一コピー(SSC,18,337bp)と一対の逆反復領域(IRs,24,959bp)を含んだ。80の蛋白質コード遺伝子,4つのrRNA遺伝子,および37のtRNA遺伝子を含む合計115の遺伝子と20の複製遺伝子を注釈した。78の長い反復配列と201の単純な反復配列を観察し,ゲノムにおけるそれらの分布はある程度異なった。ゲノム比較分析は,Artemisiaの6種の葉緑体ゲノムのコード領域が高度な配列類似性を示し,一方遺伝子間スペーサーは変異を示した。Artemisiaのリボソーム(RPS)遺伝子の光化学系II(PSA)と大サブユニットは,高いヌクレオチド置換率を有する。Artemisiaの34種および12の外群を含む系統発生関係は,Sectを回復した。Sectに埋込まれたViscidipubes。アルテミシニン。亜属Artemisiaは多系統性を明らかにしたが,亜属Dracunculusは単系統性であった。本研究はArtemisiaの種同定と系統発生のより良い理解を提供する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Plant Science and Biodiversity Centre, Slovak Academy of Sciences (SAS), Institute of Zoology, Slovak Academy of Sciences (SAS), Institute of Molecular Biology, Slovak Academy of Sciences (SAS) 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  *系統発生 ,  *ゲノム ,  サブユニット ,  *キク科 ,  リボソーム ,  *ヨモギ属 ,  反復配列 ,  光化学系II ,  rRNA遺伝子 ,  脂環式化合物 ,  ラクトン ,  架橋化合物
準シソーラス用語： *葉緑体ゲノム ,  スペーサー領域 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Artemisia tangutica ,  葉緑体ゲノム ,  照明 ,  パクバイオ ,  系統発生

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

物質索引 (1件)： アルテミシニン

タイトルに関連する用語 (6件)： Artemisia ,  キク科 ,  読み取り ,  葉緑体ゲノム ,  集合 ,  系統発生学