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J-GLOBAL ID：202202278243780990   整理番号：22A1157739

瓶におけるゲノムワイドSSRマーカー:インドの国家遺伝子バンクとその他の関連ククルビトとのシンテニーの遺伝的多様性の評価における開発,特性化,利用【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide SSR markers in bottle gourd: development, characterization, utilization in assessment of genetic diversity of National Genebank of India and synteny with other related cucurbits

著者 (8件)： Bonthala Bhawna (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India) ,  Bonthala Bhawna (Faculty of Science, Jamia Hamdard University, Delhi, Hamdard Nagar, India) ,  Abdin M. Z. (Faculty of Science, Jamia Hamdard University, Delhi, Hamdard Nagar, India) ,  Arya Lalit (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India) ,  Pandey Chithra D. (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India) ,  Sharma Vedprakash (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India) ,  Yadav Priya (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India) ,  Verma Manjusha (Division of Genomic Resources, NBPGR, New Delhi, India)
資料名： Journal of Applied Genetics  (Journal of Applied Genetics)
巻： 63  号： 2  ページ： 237-263  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0889A  ISSN： 1234-1983  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Lagenaria siceraria(Molina) Standleyは,製薬産業および野菜としてその大きな重要性を有する重要な栽培作物である。その種子,根,茎,葉,花,および果実は,アジアを通して様々な病気のための軟膏として使用される。その世界的な重要性にもかかわらず,ボトルガウド作物における有益な共優性マイクロサテライトマーカーは非常に制限され,遺伝的改良,品種同定,および系統学的研究を妨げる。次世代シークエンシングは,分子標識の発見,評価および検証のためのアプローチを革命した。NCBIから得た制限部位関連DNA配列決定(RAD-Seq)データを用いてSSRマーカーを開発するためゲノムワイド解析を行った。マイクロサテライト反復モチーフのin silicoマイニングを行うことにより,45,066完全SSRマーカーを開発した。207のマーカーが成功裏に検証され,120(57.97%)の多型プライマー対が,インドの国立遺伝子バンクからの96の系統の詳細な遺伝的多様性と個体群構造解析のために利用された。テトラヌクレオチド反復(約34.3%)は,ボトルガウドゲノムにおけるジ-,ペンタ-,およびヘキサ-ヌクレオチド反復のそれぞれ,トリヌクレオチド反復(~30.73%),さらに21.03%,9.6%,および4.3%であった。11のボトルガリー結合グループに関するSSRマーカーのシンテニーは,キュウリの7つの染色体(93.2%),メロンの12の染色体(87.4%)とスイカの11つ(90.8%)と相関していた。発生SSRマーカーは,生殖質特性化,遺伝的連鎖地図構築,シンテニー,遺伝子発見,およびボトルガウおよびその他のククルビツ種における育種のための貴重なツールを提供する。重要なメッセージ:植物育種におけるマーカー支援選抜(MAS)のための貴重なツールとしての45,066完全マイクロサテライトマーカーの開発。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Institute of Plant Genetics Polish Academy of Sciences 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  キュウリ ,  染色体 ,  ヌクレオチド ,  メロン ,  *ゲノム ,  栽培 ,  スイカ ,  品種 ,  優性 ,  作物育種 ,  連鎖地図 ,  マイクロサテライト ,  *配列相同性
準シソーラス用語： *シンテニー ,  *マイクロサテライトマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ボトルゴー ,  マイクロサテライト ,  SSR ,  全ゲノム ,  SSRマーカーの開発 ,  RAD-Seq ,  シンテニー

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (11件)： 瓶 ,  ゲノム ,  SSRマーカー ,  インド ,  国家 ,  遺伝子バンク ,  シンテニー ,  遺伝的多様性 ,  評価 ,  開発 ,  特性化