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J-GLOBAL ID：202202278358745829   整理番号：22A1023105

Qitantechナノポア長リード配列決定は多剤耐性病原体の完全ゲノムの迅速分解能を可能にする【JST・京大機械翻訳】

QitanTech Nanopore Long-Read Sequencing Enables Rapid Resolution of Complete Genomes of Multi-Drug Resistant Pathogens

著者 (14件)： Peng Kai (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Peng Kai (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Yin Yi (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Yin Yi (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Li Yan (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Li Yan (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Qin Shangshang (Key Laboratory of Advanced Drug Preparation Technologies, School of Pharmaceutical Sciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, China) ,  Liu Yuan (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Liu Yuan (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Yang Xiaorong (Center for Disease Control and Prevention of Sichuan Province, Chengdu, China) ,  Wang Zhiqiang (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Wang Zhiqiang (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Li Ruichao (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China) ,  Li Ruichao (Institute of Comparative Medicine, Yangzhou University, Yangzhou, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 13  ページ： 778659  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新しい配列決定技術の進歩は,現代のライフサイエンスと医学を先例なく促進する。長期配列技術による細菌の完全なゲノム配列の探索は,微生物ゲノミクス研究にとって重要である。しかし,第3世代の長読シーケンス技術は限られた選択で利用可能であり,科学的研究に対する技術的障壁を生成する。最近,新しいQitanTechナノポア長読化技術が中国で出現したが,潜在的な応用と性能を調査した。ここでは,MDR病原体の完全なゲノムを組み立てる新しい配列決定技術の実現可能性を包括的に評価した。結果は,500Mbp QitanTechナノポア配列データが,標準ライブラリー調製法で1つのフローセルで8時間以内に発生できたことを示した。平均読取長,最長読取長,およびQitanTech配列データの平均読取レベル精度は,それぞれ,6,041bp,57,037bp,および81.50%(LAST)/81.40%(Minimap2)であった。長リードアセンブリとハイブリッドアセンブリを含む2つのルーチン集合戦略は,完全な細菌ゲノムの達成を可能にする。正確な短読データを用いる研磨により,QitanTech long-readデータによる集合ドラフト細菌ゲノムの精度は99.9%まで劇的に改善された。さらに,集合した細菌ゲノムは,相同組換から生成された複雑な融合MDRプラスミドでさえ,tet(X),tmexCD-toprJおよびbla_VIM-2のような重要な耐性遺伝子を有する複雑な耐性プラスミドの正確な構造をカバーする。結論として,中国において打ち上げられたナノポア長リード配列技術としてのQitanTechナノポア配列決定は,複雑な細菌ゲノムの調査のための良いオプションである。この新規プラットフォームに基づくより有望な応用は,調査を正当化する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 微生物 ,  精度 ,  細菌 ,  遺伝子 ,  抗細菌薬 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  プラスミド ,  *病原体 ,  遺伝学 ,  *多剤耐性 ,  相同組換 ,  ライフサイエンス
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  細菌ゲノム ,  *ナノ細孔 ,  ゲノム配列 ,  耐性遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 抗菌薬耐性 ,  微生物ゲノミクス ,  長距離配列決定 ,  多剤耐性(MDR)細菌 ,  QitanTech配列決定

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (55件)：

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タイトルに関連する用語 (6件)： ナノポア ,  リード ,  多剤耐性 ,  病原体 ,  ゲノム ,  分解能