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J-GLOBAL ID：202202278391720211   整理番号：22A0978977

シークエンシング読取を用いた細菌種の分類に適用した変圧器ベース埋め込み【JST・京大機械翻訳】

Transformer-based embedding applied to classify bacterial species using sequencing reads

著者 (2件)： Gwak Ho-Jin (Hanyang University,Department of Computer Science,Seoul,Korea) ,  Rho Mina (Hanyang University,Department of Computer Science,Seoul,Korea)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2022  号： BigComp  ページ： 374-377  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシングとメタゲノムアプローチの出現により,読取レベル分類器の必要性が増加した。16S rRNA遺伝子配列は分類マーカーとして広く採用されているが,最近の研究は16S rRNAが種を割り当てるのに十分ではないことを明らかにした。したがって,全ゲノム配列決定を種に分類するために正確な分類器が必要である。深層学習手法と自然言語処理技術の進歩により,いくつかの研究はゲノムデータにこれらの方法を適用し,最先端の性能を成功裏に達成した。本研究では,配列読取を用いて種を正確に分類するために,細菌ゲノムに変圧器ベースの埋込みを適用した。事例研究として,配列決定読取を用いてStaphylococcus種を分類した。著者らのモデルは,151bpと251bpペアエンド読取りに対して,それぞれ0.98と0.99以上のROC-AUC値を達成した。切断エッジ法Kraken2と比較して,著者らのモデルは,同等の精度を維持しながら,有意に多くのS.aureus読取を分類した。Copyright 2022 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *変圧器 ,  *細菌 ,  自然言語処理 ,  ゲノム ,  ぶどう球菌属 ,  事例研究
準シソーラス用語： 16S rRNA ,  *配列解析 ,  細菌ゲノム ,  ゲノム配列 ,  メタゲノム ,  16SrRNA遺伝子配列 ,  深層学習 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (6件)： シークエンシング ,  読取 ,  細菌 ,  分類 ,  変圧器 ,  埋め込み