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J-GLOBAL ID：202202278606624800   整理番号：22A1170797

空間相関構造と単一ステップGBLUPによるSNP選択を用いたロッジポールマツゲノム評価の改善【JST・京大機械翻訳】

Improving lodgepole pine genomic evaluation using spatial correlation structure and SNP selection with single-step GBLUP

著者 (14件)： Cappa Eduardo P. (Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria (INTA), Instituto de Recursos Biologicos, Centro de Investigacion en Recursos Naturales, De Los Reseros y Dr. Nicolas Repetto s/n, Hurlingham, Buenos Aires, Argentina) ,  Cappa Eduardo P. (Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina) ,  Ratcliffe Blaise (Department of Forest and Conservation Sciences, Faculty of Forestry, The University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Chen Charles (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Oklahoma State University, Stillwater, OK, USA) ,  Thomas Barb R. (Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada) ,  Liu Yang (Department of Forest and Conservation Sciences, Faculty of Forestry, The University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Klutsch Jennifer (Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada) ,  Klutsch Jennifer (Department of Forestry, New Mexico Highlands University, Las Vegas, NM, USA) ,  Wei Xiaojing (Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada) ,  Azcona Jaime Sebastian (Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada) ,  Benowicz Andy (Forest Stewardship and Trade Branch, Alberta Agriculture and Forestry, Edmonton, AB, Canada) ,  Sadoway Shane (Blue Ridge Lumber Inc., West Fraser Mills Ltd, Blue Ridge, AB, Canada) ,  Erbilgin Nadir (Department of Renewable Resources, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada) ,  El-Kassaby Yousry A. (Department of Forest and Conservation Sciences, Faculty of Forestry, The University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada)
資料名： Heredity  (Heredity)
巻： 128  号： 4  ページ： 209-224  発行年： 2022年 
JST資料番号： C0547A  ISSN： 0018-067X  CODEN： HDTYA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境空間的不均一性のモデリングは,森林樹木ゲノム評価の効率を改善できる。さらに,必要なマーカーの数を減らすことにより,遺伝子型決定コストを下げることができる。2つの表現型データ調整(実験計画と自己回帰空間モデル)の分散成分,育種価精度,およびバイアスに及ぼす影響,および祖先を推論するそれらの能力のために選択したマーカーのサブセットから計算した関係マトリックスを調査した。多重形質多重部位単一段階ゲノム最良線形非バイアス予測(ssGBLUP)アプローチを用いて,4つのシナリオ(2つの表現型調整×2マーカーセット)を胸高直径(DBH),高さ(HT),および2,099のSNPで遺伝子型決定された1490(11,188)樹木の4つの開放受粉後代試験における西部ギャラさび病(WGR)に対する耐性に適用した。対照として,著者らは,血統情報を用いて従来のABLUPモデルに適合した。最高の遺伝率推定は,ABLUPで達成され,完全なマーカーセットでssGBLUPによって,そして空間表現型調整を用いて,密接に続いた。空間(DBH:0.429,WGR:0.513)または設計(HT:0.467)表現型補正を用いた場合,還元マーカーサブセット(8000SNPs)を用いることにより,最高の予測能力が得られた。6つの適合モデルの間の予測バイアスにおいて有意差は検出されず,すべての値は1(0.918~1.014)に近かった。結果は,祖先の捕獲のような有益なマーカーを選択することが予測能力を改善できることを証明した。空間相関構造の使用は形質の遺伝率を増加させ,予測バイアスを減少させたが,予測能力の増加は形質依存性であった。Copyright The Author(s), under exclusive licence to The Genetics Society 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 行列 ,  実験計画法 ,  表現型 ,  *ゲノム ,  多重化 ,  受粉 ,  林木 ,  遺伝率 ,  育種価 ,  *Pinus contorta ,  胸高直径
準シソーラス用語： 系統関係 ,  遺伝子タイピング ,  予測能力 ,  分散成分 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 飼育動物の育種  (FD01020R) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 空間相関 ,  SNP ,  ロッジポールマツ ,  ゲノム評価