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J-GLOBAL ID：202202278680220660   整理番号：22A1122446

EucommiamiR172遺伝子ファミリーのバイオインフォマティクス分析と機能予測【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics analysis and function prediction of miR172 gene family in Eucommia ulmoides

著者 (5件)： Ye Jing (石河子大学 農学院 林学系,新疆 石河子832003) ,  Yang Yuanling (石河子大学 農学院 林学系,新疆 石河子832003) ,  Shi Qingqiu (石河子大学 農学院 林学系,新疆 石河子832003) ,  Wu Longfei (石河子大学 農学院 林学系,新疆 石河子832003) ,  Song Guotao (石河子大学 農学院 林学系,新疆 石河子832003)
資料名： Zhejiang Nongye Xuebao  (Zhejiang Nongye Xuebao)
巻： 34  号： 1  ページ： 70-78  発行年： 2022年 
JST資料番号： C3051A  ISSN： 1004-1524  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 杜仲のmiR172ファミリーメンバーの進化特徴及び杜仲の成長発育過程における作用を解明した。杜仲小RNAのハイスループットシークエンシング結果(登録番号:SRP216820)及び既発表文献において、杜仲miR172ファミリー前駆体と成熟体配列を取得し、配列アラインメント、WebLogo保存性分析、系統発生樹構築、前駆体茎ループ構造予測、プロモーター構造分析、標的遺伝子予測及び機能予測を行った。その結果,8本の前駆体と8本の成熟体配列がEucommiamiR172ファミリーで共有され,その前駆体配列が安定なステムループ構造を形成することを示した。配列アラインメントとWebLogo分析により、eu-miR172d-5p以外の7つのメンバーの成熟体配列は保存性が高いが、前駆体配列の保守性は低いことが分かった。進化分析により、この家族の成熟体の進化は高度に保存されており、前駆体の進化保守性は低いことが分かった。プロモーター分析により、杜仲のmiR172ファミリープロモーターは豊富な光反応原物質とホルモン応答要素とストレス応答要素を含み、それがおそらく杜仲の花器官形成と発育及びストレス応答などの過程を調節することを示した。標的遺伝子の予測により、杜仲miR172ファミリーの標的遺伝子の数が多く、その標的遺伝子が杜仲の生長発育と逆境ストレスなどの過程に関与し、この小RNAファミリーメンバーは主にAP2遺伝子の発現を調節することが明らかになった。EucommiamiR172ファミリーメンバーは進化過程において保存され、ある程度の分化があり、主にAP2遺伝子の発現を調節することにより、Eucommiaulmoidesの成長発育過程において重要な制御作用を発揮する。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 応答 ,  構造解析 ,  *情報科学 ,  *生物学 ,  光化学反応 ,  *遺伝子 ,  ホルモン ,  系統樹 ,  プロモーター領域 ,  前駆体 ,  ループ構造
準シソーラス用語： 配列アライメント ,  *バイオインフォマティクス ,  ストレス応答 ,  ステムループ構造 ,  標的遺伝子 ,  低分子RNA ,  *遺伝子ファミリー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子ファミリー ,  バイオインフォマティクス ,  分析 ,  予測