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J-GLOBAL ID：202202278878164151   整理番号：22A1178316

Pan-Genome分析はメロンの異なる品種間の豊富な遺伝子存在/不在変異を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Pan-Genome Analysis Reveals the Abundant Gene Presence/Absence Variations Among Different Varieties of Melon and Their Influence on Traits

著者 (11件)： Sun Yang (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Wang Jing (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Li Yan (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Li Yan (Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests, Institute of Plant Protection, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Jiang Bin (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Wang Xu (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Xu Wen-Hui (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Wang Yu-Qing (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Zhang Pei-Tao (Key Laboratory for Conservation and Use of Important Biological Resources of Anhui Province, Anhui Provincial Key Laboratory of Molecular Enzymology and Mechanism of Major Diseases, College of Life Sciences, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Zhang Yong-Jun (Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests, Institute of Plant Protection, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Kong Xiang-Dong (Jiguang Gene Biotechnology Co., Ltd., Nanjing, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 835496  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メロン(Cucumismelo L.)は,栽培化および改良を受けた重要な野菜作物である。多様な表現型を持つメロンのいくつかの品種が生産されている。本研究では,168Mbの新規配列と4,325の新規遺伝子から成る297系統に基づくメロンパンゲノムを構築した。結果に基づいて,IMP_A対LDR_A群,46の好ましい遺伝子,およびIMP_M対LDR_M群の295の好ましくない遺伝子において,364の好ましくない遺伝子を含む,異なるメロン群の間で豊富な遺伝的変異があった。709の耐性遺伝子類似体(RGA)の分布も297メロン系統にわたって特性化され,そのうち603はコア遺伝子であった。さらに,106の遺伝子は可変であり,その内の55は参照メロンゲノムには存在しなかった。遺伝子存在/不在変化(PAV)に基づくゲノムワイド関連分析(GWAS)を用いて,果実長,果実形状,および果実幅に関連する13の遺伝子PAVを同定し,そのうちの4つはパンゲノム追加コンティグに位置した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 野菜 ,  *遺伝子 ,  表現型 ,  *変異 ,  *メロン ,  ゲノム ,  形態 ,  *品種 ,  果実【器官】 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： コンティグ ,  耐性遺伝子 ,  遺伝的変異 ,  栽培化 ,  家畜化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 家畜化 ,  改善 ,  パンゲノム ,  存在/不在変動(PAV) ,  耐性遺伝子類似体(RGA) ,  GWAS ,  メロン

分類 (2件)： 野菜  (FC03043X) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (67件)：

• Arora S., Steuernagel B., Gaurav K., Chandramohan S., Long Y., Matny O., et al. (2019). Resistance gene cloning from a wild crop relative by sequence capture and association genetics. Nat. Biotechnol. 37, 139-143. doi: , PMID: doi: 10.1038/s41587-018-0007-9
• Bayer P. E., Golicz A. A., Scheben A., Batley J., Edwards D. (2020). Plant pan-genomes are the new reference. Nat. Plants 6, 914-920. doi: , PMID: doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
• Bayer P. E., Golicz A. A., Tirnaz S., Chan C. K. K., Edwards D., Batley J. (2019). Variation in abundance of predicted resistance genes in the Brassica oleracea pangenome. Plant Biotechnol. J. 17, 789-800. doi: , PMID: doi: 10.1111/pbi.13015
• Benson G. (1999). Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences. Nucleic Acids Res. 27, 573-580. doi: , PMID: doi: 10.1093/nar/27.2.573
• Böhm H., Albert I., Fan L., Reinhard A., Nürnberger T. (2014). Immune receptor complexes at the plant cell surface. Curr. Opin. Plant Biol. 20, 47-54. doi: , PMID: doi: 10.1016/j.pbi.2014.04.007

タイトルに関連する用語 (6件)： PAN ,  分析 ,  メロン ,  品種 ,  遺伝子 ,  変異