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J-GLOBAL ID：202202279169125838   整理番号：22A1065091

分子動力学シミュレーションによるイオン化可能な残基を有する膜貫通ヘリックスの三量化過程の探索:LMP-1の膜貫通ドメイン5の事例研究【JST・京大機械翻訳】

Exploring the trimerization process of a transmembrane helix with an ionizable residue by molecular dynamics simulations: a case study of transmembrane domain 5 of LMP-1

著者 (4件)： Zhang Bo (Laboratory of Chemical Biology, Changchun Institute of Applied Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Changchun, Jilin 130022, China. [e-mail] [e-mail]) ,  Peng Yinghua ,  Wang Yibo ,  Wang Xiaohui
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 24  号： 11  ページ： 7084-7092  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 膜蛋白質のオリゴマ化は膜蛋白質受容体シグナル伝達の初期化に重要な役割を果たす重要な生物学的過程である。膜受容体シグナル伝達活性化の機構を理解するために,膜貫通セグメントがオリゴマ化するのは,重要である。膜貫通セグメントにおけるイオン化可能残基の複雑な膜環境および異常な動的性質のため,膜貫通ドメインのオリゴマ化過程を完全に理解することは,非常に困難である。本研究では,Epstein-Barrウイルス由来の潜在膜蛋白質-1の膜貫通ドメイン5(TMD5)をプロトタイプモデルとして用い,イオン性残基を有する膜貫通セグメントの三量体化過程を調べた。TMD5の三量体化プロセスを再構築し,通常の分子動力学シミュレーションと一定pH分子動力学シミュレーションにより調べた。TMD5が互いに接近すると,TMD5単量体の傾斜角は減少した。TMD5sは,各膜貫通ヘリックスに沿った2つの相互作用部位(D150sとQ139s)まで安定な三量体を形成し,TMD5sをロックした。D150のpK_a値は膜環境において中性状態にシフトした。TMD5が単量体であったとき,D150のpK_aシフトは主に脂質二分子層における微小環境によって影響された。TMD5が互いに接近すると,蛋白質-蛋白質相互作用はD150sのpK_aシフトの主要な寄与因子になった。全体として,本研究はTMD5ヘリックスの挙動及びTMD5オリゴマ化の過程におけるイオン化可能残基D150のpK_aシフトを明らかにした。この研究は,膜蛋白質のオリゴマ化を標的化する薬剤の開発への洞察を提供する。Copyright 2022 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *イオン化 ,  *計算機シミュレーション ,  *ヘリックス構造 ,  単量体 ,  モデル ,  *三量化 ,  *事例研究 ,  オリゴマ化 ,  三量体 ,  ターゲティング ,  膜受容体 ,  脂質二分子膜
準シソーラス用語： 蛋白質間相互作用 ,  *膜貫通領域 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *残基 ,  *膜貫通ヘリックス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子間相互作用  (BH07020P)

タイトルに関連する用語 (9件)： 分子動力学シミュレーション ,  イオン化 ,  残基 ,  膜貫通ヘリックス ,  三量化 ,  過程 ,  探索 ,  膜貫通ドメイン ,  研究