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J-GLOBAL ID：202202279197562143   整理番号：22A0846855

Indel-K2P:系統発生解析における挿入と欠失(Indel)情報を取り込むための修正木村2パラメータ(K2P)モデル【JST・京大機械翻訳】

Indel-K2P: a modified Kimura 2 Parameters (K2P) model to incorporate insertion and deletion (Indel) information in phylogenetic analysis

著者 (5件)： Mahadani Asim Kumar (Department of Computer Science and Engineering, Bankura Unnayani Institute of Engineering, Bankura, India) ,  Awasthi Shashank (G. L. Bajaj Institute of Technology and Management, Greater, Noida) ,  Sanyal Goutam (Department of Computer Science and Engineering, National Institute of Technology, Durgapur, India) ,  Bhattacharjee Partha (CSIR - Central Mechanical Engineering Research Institute, Durgapur, India) ,  Pippal Sanjeev (Department of Computer Science and Engineering, G. L. Bajaj Institute of Technology and Management, Greater, Noida)
資料名： Cyber Physical Systems  (Cyber Physical Systems)
巻： 8  号： 1  ページ： 32-44  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5828A  ISSN： 2333-5777  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 進化モデルは,様々な生物学的分類群間の進化的関係を推定するために広く使用されている。既存の進化モデルの大部分は挿入と欠失(インデル)事象を無視し,それは計算上の困難を減らすが,同時に,それは貴重な系統発生情報の損失を引き起こす。本研究では,Phalaenopsisの低置換率配列Indelリッチ高類似DNA配列(trnL-trnF遺伝子間スペーサー領域)のケースにおいて,系統樹構築におけるインデル情報を利用するための修正Kimura2パラメータ(K2P)モデルを開発し,系統発生におけるモデルの効率を試験した。”Palaenopsis”の高度類似DNA配列(trnL-trnF遺伝子間スペーサー領域)をGenbankから収集し,系統発生におけるモデルの効率を試験した。著者らの開発したIndel-K2PモデルとK2PモデルをMATLABに実装し,系統樹トポロジーの信頼度と精度をテストするためにブートストラップ値とRobinson(RF)距離を計算した。Indel-K2Pモデルのフレームワーク内で構築した系統樹は,92.66%の精度と40.9%のルートノード信頼度を示し,一方,インデルのないK2Pモデルは,より少ない精度とより少ない根ノード信頼度を示した。著者らの結果は,インデル(Indel-K2P)モデルを有する修正Kimura2パラメータが,インデルリッチDNA配列のための系統樹構築において,Kimura2パラメータ(K2P)より良好に機能することを示した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  ブートストラップ ,  信頼度 ,  精度 ,  建設 ,  ヌクレオチド配列 ,  系統樹 ,  *系統発生 ,  支援プログラム ,  置換率
準シソーラス用語： 遺伝距離 ,  DNA配列 ,  MATLAB ,  Phalaenopsis ,  分類群 ,  スペーサー領域 ,  進化モデル , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Indel ,  ギャップ ,  k2pモデル ,  進化モデル ,  遺伝的距離 ,  系統発生学

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 系統発生 ,  解析 ,  欠失 ,  パラメータ ,  モデル