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J-GLOBAL ID：202202279580023786   整理番号：22A1114140

Eleusine coracana L(シコクビエ)におけるCAMTA転写因子の蛋白質モデリングおよびドッキングへのトランスクリプトームワイド同定および計算洞察【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome-wide identification and computational insights into protein modeling and docking of CAMTA transcription factors in Eleusine coracana L (finger millet)

著者 (11件)： Kadri Syeda Ulfath Tazeen (Department of Biochemistry, School of Allied Health Sciences, REVA University, Bangalore 560064, India) ,  Kadri Syeda Ulfath Tazeen (Department of Biochemistry, Maharani’s Science College for Women, Bangalore 560001, India) ,  Mulla Sikandar I. (Department of Biochemistry, School of Allied Health Sciences, REVA University, Bangalore 560064, India) ,  Babu R Nagesh (Department of Biochemistry, Maharani’s Science College for Women, Bangalore 560001, India) ,  Suchithra B. (Department of Biochemistry, Maharani’s Science College for Women, Bangalore 560001, India) ,  Bilal Muhammad (School of Life Science and Food Engineering, Huaiyin Institute of Technology, Huaian, China) ,  Ameen Fuad (Department of Botany and Microbiology, College of Science, King Saud University, Riyadh, 11451, Saudi Arabia) ,  Bharagava Ram Naresh (Department of Microbiology (DM), School for Environmental Sciences (SES), Babasaheb Bhimrao Ambedkar University (A Central University), VidyaVihar, Raebareli Road, Lucknow, 226025, Uttar Pradesh, India) ,  Saratale Ganesh Dattatraya (Department of Food Science and Biotechnology, Dongguk University-Seoul, Ilsandong-gu, Goyang-si 10326, Gyeonggido, Republic of Korea) ,  Ferreira Luiz Fernando Romanholo (Graduate Program in Process Engineering, Tiradentes University, Av. Murilo Dantas, 300, Farolandia, Aracaju, Sergipe 49032-490, Brazil) ,  Americo-Pinheiro Juliana Heloisa Pine (Brazil University, Street Carolina Fonseca, number 584, Sao Paulo, SP, 08230-030, Brazil)
資料名： International Journal of Biological Macromolecules  (International Journal of Biological Macromolecules)
巻： 206  ページ： 768-776  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0898A  ISSN： 0141-8130  CODEN： IJBMDR  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カルモジュリン結合転写活性化因子(CAMTA)は,植物において様々な重要な生物学的機能を実行することが知られている転写因子のグループである。ここで,著者らは,フィンガーキビトランスクリプトームデータから同定された7つの推定CAMTA転写因子を報告する。さらに,蛋白質-蛋白質結合を介して,物理化学的性質,細胞内局在性,保存ドメインおよびモチーフ,遺伝子オントロジー(GO)項,系統発生,3D構造予測およびCAMTA-Ca2+-カルモジュリン相互作用を分析した。すべてのEcCAMTAは核に局在し,カルモジュリン結合ドメイン(CaMBD)を持っていた。GOの結果は,DNA結合および蛋白質結合分子機能におけるCAMTAsの関与を示した。系統解析はEcCAMTA遺伝子を3-サブグループに分類した。CAMTA蛋白質の3D構造をab-initio蛋白質モデリングにより解明し,カモジュリンとの相互作用をドッキング研究により調べた。本研究は,指キビにおけるCAMTA遺伝子の構造と機能への分子洞察を提供し,また,参照ゲノムまたは注釈付データベースの欠如における新規遺伝子ファミリーの同定のためのオミクスに基づくin-silicoアプローチの役割を強調した。これは,指キビにおけるCAMTA転写因子ファミリーの最初の研究であり,それは,指キビまたは他の関連キビおよび穀類作物におけるCAMTA遺伝子のさらなる研究のための資源として役立つことができた。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  *ドッキング ,  遺伝子 ,  *タンパク質 ,  結合部位 ,  *シコクビエ ,  三次元 ,  カルモジュリン ,  *転写因子 ,  アノテーション ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： in silico ,  ドメイン構造 ,  オミックス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ミレット ,  CAMTA転写因子 ,  トランスクリプトームデータ ,  3Dモデリング ,  蛋白質-蛋白質ドッキング

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  作物の品種改良  (FC02030G)

タイトルに関連する用語 (10件)： Eleusine ,  シコクビエ ,  転写因子 ,  蛋白質 ,  モデリング ,  ドッキング ,  トランスクリプトーム ,  同定 ,  計算 ,  洞察