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J-GLOBAL ID：202202280312501610   整理番号：22A0833390

RNA依存性RNAポリメラーゼ標的の増幅効率低下はルーチン診断試験を用いたデルタSARS-CoV-2変異体の追跡を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Reduced amplification efficiency of the RNA-dependent-RNA-polymerase target enables tracking of the Delta SARS-CoV-2 variant using routine diagnostic tests

著者 (35件)： Valley-Omar Ziyaad (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Valley-Omar Ziyaad (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Marais Gert (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Marais Gert (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Iranzadeh Arash (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Naidoo Michelle (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Naidoo Michelle (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Korsman Stephen (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Korsman Stephen (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Maponga Tongai (Stellenbosch University, Stellenbosch, Western Cape, South Africa) ,  Hussey Hannah (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Hussey Hannah (Centre Health Intelligence, Western Cape Government: Health, South Africa) ,  Davies Mary-Ann (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Boulle Andrew (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Doolabh Deelan (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Laubscher Mariska (Lancet Laboratories, South Africa) ,  Wojno Justyna (Lancet Laboratories, South Africa) ,  Deetlefs J.D. (Ampath Laboratories, South Africa) ,  Maritz Jean (PathCare Laboratories, South Africa) ,  Scott Lesley (University of the Witwatersrand, Johannesburg, Gauteng, South Africa) ,  Msomi Nokukhanya (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Msomi Nokukhanya (University of KwaZulu-Natal, Durban, KwaZulu-Natal, South Africa) ,  Naicker Cherise (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Naicker Cherise (University of KwaZulu-Natal, Durban, KwaZulu-Natal, South Africa) ,  Tegally Houriiyah (University of KwaZulu-Natal, Durban, KwaZulu-Natal, South Africa) ,  de Oliveira Tulio (University of KwaZulu-Natal, Durban, KwaZulu-Natal, South Africa) ,  Bhiman Jinal (National Institute for Communicable Diseases of the National Health Laboratory Service, Johannesburg, Gauteng, South Africa) ,  Williamson Carolyn (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Williamson Carolyn (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Preiser Wolfgang (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Preiser Wolfgang (Stellenbosch University, Stellenbosch, Western Cape, South Africa) ,  Hardie Diana (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Hardie Diana (National Health Laboratory Service, South Africa) ,  Hsiao Nei-yuan (University of Cape Town, Cape Town, Western Cape, South Africa) ,  Hsiao Nei-yuan (National Health Laboratory Service, South Africa)
資料名： Journal of Virological Methods  (Journal of Virological Methods)
巻： 302  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0807B  ISSN： 0166-0934  CODEN： JVMEDH  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 南アフリカのWestern Cape地域におけるRoutine SARS-CoV-2監視(January-82021)は,Delta変異体を検出するとき,6月2021日からSeegeneのRdRp遺伝子標的のRT-PCR増幅効率の低下を見出した。増加したRT-PCRサイクル閾値(RΔE)によって表される増幅効率の低下がSARS-CoV-2デルタ変異体罹患率の間接的尺度として使用できるかどうかを検討した。6月2021日から試験した患者試料の中央値RΔEの有意な増加を見出し,これは著者らの試料セット内のSARS-CoV-2デルタ変異体の出現と一致した。患者サンプルのサブセットにおける全ゲノム配列決定は,Delta変異体のRdRp遺伝子内でのみ高度に保存されたG15451A,非同義変異を同定し,これはRT-PCR増幅効率の低下を引き起こすかもしれない。全ゲノム配列決定は,新しいSARS-CoV-2変異体の同定に重要であるが,RΔE値のモニタリングは,Delta変異体罹患率の迅速追跡のための有用な代用物として役立つ。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *突然変異体 ,  ヌクレオチド配列 ,  南アフリカ共和国 ,  患者 ,  *RNAレプリカーゼ ,  遺伝子ターゲティング ,  RT-PCR法
準シソーラス用語： *重症急性呼吸器症候群 ,  Delta蛋白質 ,  ゲノム配列 ,  サイレント変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： SARS-CoV-2 ,  COVID-19 ,  デルタ変異体 ,  診断試験 ,  南アフリカ ,  サーベイランス

分類 (1件)： 遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (10件)： RNA依存性RNAポリメラーゼ ,  標的 ,  増幅 ,  効率低下 ,  ルーチン ,  診断試験 ,  デルタ ,  SARS-CoV-2 ,  変異体 ,  追跡