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J-GLOBAL ID：202202280602395642   整理番号：22A0064712

空間的ゲノミクスによって可能になった,組織のクローン不均一性の多モード研究

Spatial genomics enables multi-modal study of clonal heterogeneity in tissues

著者 (34件)： ZHAO Tongtong (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  CHIANG Zachary D. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  MORRISS Julia W. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  MURRAY Evan M. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  LAREAU Caleb A. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  NADAF Naeem M. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  LI Jilong (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  EARL Andrew S. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  MACOSKO Evan Z. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  JACKS Tyler (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  BUENROSTRO Jason D. (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  CHEN Fei (Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  ZHAO Tongtong (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  CHIANG Zachary D. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  MORRISS Julia W. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  LAFAVE Lindsay M. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  MURRAY Evan M. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  LAREAU Caleb A. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  EARL Andrew S. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  BUENROSTRO Jason D. (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  CHEN Fei (Dep. of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA) ,  CHIANG Zachary D. (Gene Regulation Observatory, Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  EARL Andrew S. (Gene Regulation Observatory, Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  BUENROSTRO Jason D. (Gene Regulation Observatory, Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  CHEN Fei (Gene Regulation Observatory, Broad Inst. of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA) ,  LAFAVE Lindsay M. (Dep. of Biology, Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  DEL PRIORE Isabella (Dep. of Biology, Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  MELI Kevin (Dep. of Biology, Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  JACKS Tyler (Dep. of Biology, Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  LAFAVE Lindsay M. (David H. Koch Inst., Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  DEL PRIORE Isabella (David H. Koch Inst., Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  MELI Kevin (David H. Koch Inst., Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  JACKS Tyler (David H. Koch Inst., Massachusetts Inst. of Technol., Cambridge, MA, USA) ,  MACOSKO Evan Z. (Dep. of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 601  号： 7891  ページ： 85-91  発行年： 2022年01月06日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞の状態や挙動は,遺伝的要因と環境要因の両方の影響を受ける可能性がある。特に,腫瘍のプログレッションは,基盤となる遺伝的異常に加え,腫瘍微小環境の構成によっても決定される。これらの要因の寄与を定量化するには,表現型の読み出しと共に,ゲノムの塩基配列の空間的位置を正確に測定できる新しい技術が必要である。今回我々は,無傷組織の切片から,空間分解されたDNA配列を捕捉する方法「slide-DNA-seq」を開発した。我々は,この方法によって,腫瘍の局所的な構造を正確に保持した状態で,腫瘍の異なるクローンやそのコピー数変化をde novoに発見できることを実証する。slide-DNA-seq法を転移マウスモデルとヒト原発がんに適用したところ,クローン集団が別個の空間領域に限定されていることが明らかになった。さらに,空間的トランスクリプトミクスとの統合により,クローン特異的な遺伝的異常,局所の腫瘍微小環境,あるいはその両方に関連する,異なる遺伝子セットが明らかになった。まとめると,この多モードの空間的ゲノミクスの手法は,細胞内因性および細胞外因性の要因が,遺伝子発現,タンパク質量,その他の細胞表現型に,どのように寄与するかを定量化するための汎用プラットフォームになる。Copyright Nature Japan KK 2022

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  遺伝病 ,  腫瘍 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  表現型 ,  *クローン ,  *多モード ,  遺伝子発現 ,  コピー数
準シソーラス用語： *ゲノミクス ,  トランスクリプトーム解析 ,  内因性 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノミクス ,  組織 ,  クローン ,  不均一性 ,  多モード ,  研究