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J-GLOBAL ID：202202280682584252   整理番号：22A0749528

CGおよびCHGメチル化はイネにおけるOsPRR37-出力遺伝子の転写制御に寄与する【JST・京大機械翻訳】

CG and CHG Methylation Contribute to the Transcriptional Control of OsPRR37-Output Genes in Rice

著者 (11件)： Liu Chuan (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Li Na (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Lu Zeping (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Sun Qianxi (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Pang Xinhan (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Xiang Xudong (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Deng Changhao (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Xiong Zhengshuojian (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Shu Kunxian (Chongqing Key Laboratory of Big Data for Bio Intelligence, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing, China) ,  Yang Fang (State Key Laboratory of Hybrid Rice, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, China) ,  Hu Zhongli (State Key Laboratory of Hybrid Rice, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 839457  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物概日時計は,環境キューの日周変化を伴う内因性転写リズムを調整する。イネの概日時計の負の成分であるOsPRR37は,トランスクリプトームリズムと農業的に重要な形質を,報告されている。しかし,OsPRR37-アウトプット遺伝子の根底にある調節機構は,ほとんど知られていない。本研究では,全ゲノム亜硫酸水素配列決定およびハイスループットRNA配列決定を適用して,OsPRR37-アウトプット遺伝子の転写制御におけるDNAメチル化の役割を検証した。著者らは,OsPRR37の過剰発現がイネの成長を抑制し,CGおよびCHG配列状況におけるシトシンメチル化を変化させるが,CHHの文脈(HはA,T,またはCを表す)ではないことを見出した。全体で,35の重複遺伝子を同定し,それらの25はメチル化レベルと遺伝子発現の間に負の相関を示した。ヘキソキナーゼ遺伝子OsHXK1のプロモーターはCGとCHG部位の両方で低メチル化され,OsHXK1の発現は有意に増加した。一方,葉の澱粉含有量は,OsPRR37過剰発現系統において,レシピエントの親のGuangluai4より一貫して低かった。時間経過トランスクリプトームの公表データによるさらなる分析は,ほとんどの重複遺伝子が,duskからdawnまでのピーク発現相を示すことを明らかにした。DNAメチル化,メチル化維持,およびDNA脱メチル化に関与する遺伝子は,dusk周辺で活発に発現していた。DNAグリコシラーゼ,すなわちROS1A/DNG702は,おそらくOsHXK1のプロモーターを脱メチル化する上流の候補であった。まとめると,著者らの結果は,CGとCHGメチル化がOsPRR37-アウトプット遺伝子の転写調節に寄与し,OsHXK1の低メチル化がイネにおける澱粉含量の減少と植物成長の減少につながることを明らかにした。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  *転写【遺伝】 ,  澱粉 ,  植物成長 ,  *イネ ,  脱メチル ,  プロモーター領域 ,  体内時計 ,  遺伝子発現 ,  DNAグリコシラーゼ ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  過剰発現 ,  概日時計 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： イネの成長 ,  DNAメチル化 ,  RNA-seq ,  概日時計 ,  出力遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (80件)：

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• Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30 2114-2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170
• Bu D., Luo H., Huo P., Wang Z., Zhang S., He Z., et al (2021). KOBAS-i: intelligent prioritization and exploratory visualization of biological functions for gene enrichment analysis. Nucleic Acids Res. 49 W317-W325. doi: 10.1093/nar/gkab447
• Chen R., Deng Y., Ding Y., Guo J., Qiu J., Wang B., et al (2021). Rice functional genomics: decades’ efforts and roads ahead. Sci. China Life Sci. 65 33-92. doi: 10.1007/s11427-021-2024-0
• Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. (2018). fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics 34 i884-i890. doi: 10.1093/bioinformatics/bty560

タイトルに関連する用語 (5件)： CG ,  メチル化 ,  イネ ,  遺伝子 ,  転写制御