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J-GLOBAL ID：202202280990870430   整理番号：22A1153910

ModEst:次世代シークエンシングデータからのゲノムサイズの正確な推定【JST・京大機械翻訳】

ModEst: Accurate estimation of genome size from next generation sequencing data

著者 (5件)： Pfenninger Markus (Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Frankfurt am Main, Germany) ,  Pfenninger Markus (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Frankfurt am Main, Germany) ,  Pfenninger Markus (Institute for Organismic and Molecular Evolution, Johannes Gutenberg University, Mainz, Germany) ,  Schonnenbeck Philipp (Institute for Organismic and Molecular Evolution, Johannes Gutenberg University, Mainz, Germany) ,  Schell Tilman (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Frankfurt am Main, Germany)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 4  ページ： 1454-1464  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムサイズの正確な推定は,理論的および実用的な生物多様性ゲノムの両方にとって重要なパラメータである。ここでは,配列決定された塩基の数および平均配列決定深さからゲノムサイズを推定するための迅速,容易かつ正確な方法を提示する。後者を推定するために,Poisson分布パラメータラムダの正確な推定が,真の基礎となる分布を表す配列深さ分布の一部に限定される,切捨てデータから可能であるという事実を利用した。シミュレーションにより,合理的なゲノムサイズ推定は,低被覆率(10×),高不連続ゲノムドラフトからも得られることを示した。同じ個体のフローサイトメトリー推定による広範囲の分類群と配列決定戦略からの推定値の比較は,非常に良好な適合を示し,両方法が同等の交換可能な結果をもたらすことを示唆した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： Poisson分布 ,  *ゲノム ,  *遺伝学実験技術 ,  遺伝学 ,  不連続性 ,  パラメータ ,  *規模 ,  推定量 ,  フローサイトメトリー ,  被覆率 ,  生物多様性 ,  深さ分布
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  分類群 ,  *ゲノムサイズ ,  比較ゲノミクス ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 生物多様性ゲノミクス ,  比較ゲノミクス ,  世代配列決定 ,  ゲノム形質 ,  次世代シークエンシング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 次世代シークエンシング ,  ゲノムサイズ ,  推定