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J-GLOBAL ID：202202281045722137   整理番号：22A1026068

研究ワクチン開発中のジカウイルス感染:ナノポア全ゲノム配列決定による実験室獲得感染の研究【JST・京大機械翻訳】

Zika Virus Infection During Research Vaccine Development: Investigation of the Laboratory-Acquired Infection via Nanopore Whole-Genome Sequencing

著者 (8件)： Bang Eunsik (1Department of Medicine, Seoul National University College of Medicine, Seoul, South Korea) ,  Oh Sujin (2Department of Laboratory Medicine, Seoul National University College of Medicine, Seoul, South Korea) ,  Chang Ho Eun (3PHiCS Institute, Seoul, South Korea) ,  Shin Il Seob (3PHiCS Institute, Seoul, South Korea) ,  Park Kyoung Un (2Department of Laboratory Medicine, Seoul National University College of Medicine, Seoul, South Korea) ,  Park Kyoung Un (4Department of Laboratory Medicine, Seoul National University Bundang Hospital, Seongnam, South Korea) ,  Kim Eu Suk (5Department of Internal Medicine, Seoul National University College of Medicine, Seoul, South Korea) ,  Kim Eu Suk (6Department of Internal Medicine, Seoul National University Bundang Hospital, Seongnam, South Korea)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 12  ページ： 819829  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ジカウイルス(ZIKV)は,2007年に最初の大流行以来,重大な公衆衛生問題として出現した。現在のZIKV診断法は既知のZIKVを同定できるが,既知のZIKV株以外のウイルスと病原体の起源を追跡することは不可能である。臨床疫学における全ゲノム配列決定(WGS)の能力を,実験室感染(LAI)の疑いのある症例におけるZIKVの起源の検出に成功したかどうかを評価することにより計画した。患者サンプルで発見されたZIKVは,ナノポア配列決定技術で配列決定され,コンセンサス配列を有する38の既知のZIKV株のアラインメントに基づく系統樹の生産が続いた。コンセンサス配列を有する最も近いウイルス株は,実験室で使用された菌株であり,99.27%のパーセント同一性であった。WGSは,その時間有効性を示し,単一塩基レベルに対する菌株間の差を検出する能力を示した。さらに,LAIsのグローバル数を決定するために,過去10年に発表された論文の文献レビューを行い,338のLAIsの53のレポートを見出した。一般的な報告システムの欠如は,大多数の症例(81.1%)のように, womeであり,曝露経路は未知であった。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  研究 ,  *ヌクレオチド配列 ,  系統樹 ,  文献展望 ,  *感染 ,  診断 ,  公衆衛生 ,  病原体 ,  疫学 ,  有効性
準シソーラス用語： コンセンサス配列 ,  *ナノ細孔 ,  臨床疫学 ,  *ゲノム配列 ,  *ワクチン開発 ,  *Zika virus , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 全ゲノム配列決定 ,  WGS ,  ウイルス株タイピング ,  研究室感染 ,  LAI

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  疫学  (GB03000E)

引用文献 (82件)：

• Abbink P., Larocca R. A., de la Barrera R. A., Bricault C. A., Moseley E. T., Boyd M., et al. (2016). Protective Efficacy of Multiple Vaccine Platforms Against Zika Virus Challenge in Rhesus Monkeys. Science 353 (6304), 1129-1132. doi: doi: 10.1126/science.aah6157
• Aebischer O., Meylan P., Kunz S., Lazor-Blanchet C. (2016). Lymphocytic Choriomeningitis Virus Infection Induced by Percutaneous Exposure. Occup. Med. (Lond). 66 (2), 171-173. doi: doi: 10.1093/occmed/kqv156
• Agalar C., Ozturk Engin D. (2020). Protective Measures for COVID-19 for Healthcare Providers and Laboratory Personnel. Turk. J. Med. Sci. 50 (SI-1), 578-584. doi: doi: 10.3906/sag-2004-132
• Alexander D. C., Fitzgerald S. F., DePaulo R., Kitzul R., Daku D., Levett P. N., et al. (2016). Laboratory-Acquired Infection With Salmonella Enterica Serovar Typhimurium Exposed by Whole-Genome Sequencing. J. Clin. Microbiol. 54 (1), 190-193. doi: doi: 10.1128/JCM.02720-15
• Artika I. M., Wiyatno A., Ma’roef C. N. (2020). Pathogenic Viruses: Molecular Detection and Characterization. Infect. Genet. Evol. 81, 104215. doi: doi: 10.1016/j.meegid.2020.104215

タイトルに関連する用語 (9件)： 研究 ,  ワクチン ,  開発 ,  ウイルス感染 ,  ナノポア ,  ゲノム配列 ,  実験室 ,  獲得 ,  感染