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J-GLOBAL ID：202202281152204995   整理番号：22A1084525

トランスクリプトーム解析に基づくPseudomonas aeruginosa DN1におけるアルカンヒドロキシラーゼAlkB2の調節に対するGntRの役割の解明【JST・京大機械翻訳】

Unravelling the role of GntR on the regulation of alkane hydroxylase AlkB₂ in Pseudomonas aeruginosa DN1 based on transcriptome analysis

著者 (5件)： Pan Jincheng (Shaanxi Provincial Key Laboratory of Biotechnology, Key Laboratory of Resources Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Science, Northwest University, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Wei Fengdan (Shaanxi Provincial Key Laboratory of Biotechnology, Key Laboratory of Resources Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Science, Northwest University, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Liu Yani (Shaanxi Provincial Key Laboratory of Biotechnology, Key Laboratory of Resources Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Science, Northwest University, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Xu Yuanyuan (Shaanxi Provincial Key Laboratory of Biotechnology, Key Laboratory of Resources Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Science, Northwest University, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Ma Yanling (Shaanxi Provincial Key Laboratory of Biotechnology, Key Laboratory of Resources Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Science, Northwest University, Xi’an, Shaanxi, China)
資料名： Journal of Applied Microbiology  (Journal of Applied Microbiology)
巻： 132  号： 4  ページ： 2812-2822  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0635A  ISSN： 1364-5072  CODEN： JAMIFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:本研究の目的は,アルカン分解における遺伝子alkB_2の関与の包括的な理解を得ることである。方法と結果:Pseudomonas aeruginosa DN1の野生型とalkB_2ノックアウト株における遺伝子発現の変化を,唯一の炭素源としてエイコサン(C_20n-アルカン)を含む培地で増殖するとき,転写プロファイリングに基づいて特性化した。野生型と比較して,ノックアウト変異体の遺伝子の約7%は,344のアップレギュレートされた遺伝子と78の下方制御された遺伝子を含む,有意に差次的に発現した。遺伝子およびゲノム(KEGG)経路分析の京都エンシクロペディアは,多数の差次的発現遺伝子(DEG)が,メチル受容走化性蛋白質(MCPs),外膜脂肪酸輸送蛋白質(FadL),膜受容体蛋白質(FptA),オプリンおよび転写調節因子を含む遺伝子を含む,n-アルカンに対する分解または生理学的応答と潜在的に関連していることを明らかにした。特に,alkB_2の上流に位置する転写調節遺伝子gntR(RS18845)(RS18850)はアップレギュレートされた。alkB_2上のこの転写調節因子の可能な調節機能を,遺伝子ノックアウト法及び電気泳動移動度シフトアッセイ(EMSA)実験と組み合わせた定量的逆転写酵素PCR(RT-qPCR)を用いて調べた。RT-qPCRの結果は,gntR変異体において,alkB_2発現がエイコサンの存在に依存しないことを示したが,GntRが産生されたとき,その発現は基質によって有意に誘導された。EMSA分析に基づいて,パリンドロームDNAモチーフ5′-ATTGTCAGACAAT-3′はGntRにより認識されると確認され,GntRの2コピーはこの配列に結合することができた。しかしながら,GntRとDNAの間の相互作用はエイコサンの存在下で変化し,GntRがアルコサンと結合し,alkB_2の発現を調節することを示唆した。結論:これらの知見は,GntRが,P.aeruginosa DN1におけるC_20 n-アルカンの分解に影響するalkB_2の転写調節において重要な役割を果たすことを示す。本研究は,alkB_2によるアルカン分解の調節におけるGntRの重要性への洞察を提示し,アルカン分解に関与する複雑な調節ネットワークの理解を深める。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *アルカン ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  突然変異体 ,  *緑膿菌 ,  遺伝子発現 ,  野生型 ,  ダウンレギュレーション ,  転写因子 ,  定量的PCR法
準シソーラス用語： 炭素源 ,  転写調節 ,  転写調節因子 ,  alkB , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： AlkB2 ,  n-アルカンの分解 ,  Pseudomonas aeruginosa ,  RNA-seq ,  転写調節因子GntR

分類 (5件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  代謝と栄養  (EG03054K) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  抗細菌薬の基礎研究  (GW17020S) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： トランスクリプトーム解析 ,  Pseudomonas ,  アルカンヒドロキシラーゼ ,  調節 ,  役割