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J-GLOBAL ID：202202281451151502   整理番号：22A0912570

分割と統治を用いた高速で正確な距離ベースの系統発生配置【JST・京大機械翻訳】

Fast and accurate distance-based phylogenetic placement using divide and conquer

著者 (5件)： Balaban Metin (Bioinformatics and Systems Biology Graduate Program, University of California San Diego, La Jolla, CA, USA) ,  Jiang Yueyu (Department of Electrical and Computer Engineering, UC San Diego, La Jolla, CA, USA) ,  Roush Daniel (Center for Fundamental and Applied Microbiomics, Arizona State University, Tempe, AZ, USA) ,  Zhu Qiyun (Center for Fundamental and Applied Microbiomics, Arizona State University, Tempe, AZ, USA) ,  Mirarab Siavash (Department of Electrical and Computer Engineering, UC San Diego, La Jolla, CA, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 3  ページ： 1213-1227  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 既存の系統発生上のクエリ試料の系統発生配置は,試料同定とミクロビオーム環境サンプリングを含む分子生態学でますます使用されている。これらの解析に用いた利用可能な参照樹木のサイズは成長し続けるので,高精度の超大型樹木に配列を置く方法の必要性が高まっている。距離ベース配置法は,そのようなスケーラビリティを提供するための経路として最近出現し,一方,組立および非集合環境サンプルの両方を分析する柔軟性を可能にした。本研究では,距離ベースの系統発生配置法(APPLES-2)を導入し,既存の距離ベース法よりも正確でスケーラブルであり,また,いくつかの主導的最尤法さえも,さらに,スケーラブルである。このスケーラビリティは,距離計算と系統配置を各クエリーに最も関連するツリーの部分に制限する分割統治法に toる。増加したスケーラビリティと精度は,381のマーカー遺伝子のサブセットを用いて,10,575の微生物種のデータセットに微生物ゲノムを配置するためのAPPLES-2の有効性を研究することを可能にした。APPLES-2は,この設定において非常に高い精度を持ち,50のマーカー遺伝子を用いて,種木における最適位置の3つの枝の中で,クエリゲノムの97%を配置した。概念実証結果は,APPLES-2が,足場が数十のマーカー遺伝子を含む限り,高精度で超大型バックボーン樹上にメタゲノム足場を迅速に配置できることを示した。これらの結果は,分子生態学の様々な領域における距離ベース配置のよりスケーラブルで広範な利用の道を開いた。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 微生物 ,  最尤法 ,  樹木 ,  遺伝子 ,  距離 ,  *系統発生 ,  ゲノム ,  柔軟性 ,  集合 ,  有効性 ,  分割統治法 ,  環境試料
準シソーラス用語： マーカー遺伝子 ,  クエリー ,  常在菌叢ゲノム ,  メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 距離に基づく方法 ,  メタゲノミクス ,  マイクロバイオーム ,  系統学的配置

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 統治 ,  系統発生