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J-GLOBAL ID：202202283190870095   整理番号：22A1074280

GT-Proによるヒト腸マイクロバイオームの高速で正確なメタ遺伝子型判定

Fast and accurate metagenotyping of the human gut microbiome with GT-Pro

著者 (9件)： SHI Zhou Jason (Data Sci., Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA, USA) ,  ZHAO Chunyu (Data Sci., Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA, USA) ,  POLLARD Katherine S. (Data Sci., Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA, USA) ,  SHI Zhou Jason (Data Sci. and Biotechnology, Gladstone Inst., San Francisco, CA, USA) ,  POLLARD Katherine S. (Data Sci. and Biotechnology, Gladstone Inst., San Francisco, CA, USA) ,  DIMITROV Boris (Chan Zuckerberg Initiative, Redwood city, CA, USA) ,  NAYFACH Stephen (Dep. of Energy, Joint Genome Inst., Walnut Creek, CA, USA) ,  NAYFACH Stephen (Environmental Genomics and Systems Biology Div., Lawrence Berkeley National Lab., Berkeley, CA, USA) ,  POLLARD Katherine S. (Epidemiology and Biostatistics, Univ. California, San Francisco, CA, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 40  号： 4  ページ： 507-516  発行年： 2022年04月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタゲノミクスにおける一塩基多型(SNP)は,個体群構造の定量化,系統の追跡,微生物表現型の遺伝的決定因子の発見に用いられている。しかし,アラインメントに基づいてメタゲノムのSNPを検出する既存の方法では,高性能の計算と,SNPを塩基配列解読エラーと区別するために十分なリードカバー率が求められる。こうした問題に取り組むべく,我々はGT-Pro(GenoTyper for Prokaryotes)を開発した。これは,ゲノムからSNPのカタログ化を行い,固有のk-merを用いることで,メタゲノムからそうしたSNPの迅速な遺伝子型判定を行う一連の方法である。GT-Proは,リードのアラインメントを用いる方法と比較して正確さに優れ,2桁高速である。我々は,質の高いゲノムを用いることにより,ヒト腸内の909種が持つ1億400万のSNPのカタログを作成し,このカタログを標的とする固有のk-merを用いて,7459点の試料に由来する腸内微生物の総体的個体群構造を明らかにした。GT-Proは,パーソナルコンピューターによって高速かつ省メモリーで数百万のSNPのメタ遺伝子型判定を行うことを可能にする。Copyright Nature Japan KK 2022

シソーラス用語： アラインメント ,  記憶装置 ,  微生物 ,  *遺伝 ,  *腸 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  表現型 ,  ゲノム ,  腸内微生物 ,  遺伝学 ,  パーソナルコンピュータ ,  一塩基多型
準シソーラス用語： メタゲノミクス ,  メタゲノム ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： GT ,  PRO ,  ヒト ,  腸 ,  マイクロバイオーム ,  遺伝子型判定