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J-GLOBAL ID：202202283798050473   整理番号：22A0463707

Pythonベースのヘリックスインデクサ:電子顕微鏡データのFourier-Besselインデクシングによる螺旋集合の対称性を見出すためのグラフィカルユーザインタフェイスプログラム【JST・京大機械翻訳】

Python-based Helix Indexer: A graphical user interface program for finding symmetry of helical assembly through Fourier-Bessel indexing of electron microscopic data

著者 (2件)： Zhang Xuewu (Department of Pharmacology, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, Texas) ,  Zhang Xuewu (Department of Biophysics, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, Texas)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 31  号： 1  ページ： 107-117  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多くの高分子は螺旋集合体を形成し,それらの機能を実行する。電子顕微鏡画像からのヘリカル再構成は,このような集合体の高分解能構造を解くための強力なアプローチである。螺旋集合体の対称性パラメータの決定は螺旋再構成における必要条件である。対称性を演繹するために最も広く用いられている方法は,螺旋集合体の回折パターンを指数付けするFourier-Besselによる。しかし,この方法は,螺旋回折パターンのインデクシングにおける固有曖昧さのため,しばしば不正確な解を導く。ここでは,対称性決定の過程を通してユーザをガイドするためにグラフィカルユーザインタフェイス(GUI)を提供するPythonベースHelixインデクター(PyHI)を提示した。回折パターンは,螺旋集合体の2次元クラス平均から,直接プログラムに読み込むことができる。PyHIは,回折データの振幅と位相の両方を用いて,回折ピークのBessel秩序を演繹する。2つのユニットベクトルのBessel次数に基づいて,最小ユーザ入力でFourier空間格子を構築した。次に,プログラムは,Fourier空間格子を最適化するために,精密化アルゴリズムを使用し,そして,次に,実際の空間で螺旋集合を作り出す。このプログラムは,螺旋組立の出版品質グラフィック表現と,その後の螺旋再構成ステップに必要な対称性パラメータの両方を提供する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  回折 ,  最適化 ,  *対称性 ,  *電子顕微鏡 ,  ベクトル ,  高分子 ,  再構成 ,  結晶格子 ,  位相 ,  二次元 ,  高分解能 ,  *GUI【計算機】 ,  凝集体
準シソーラス用語： 回折パターン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： クライオ-EM ,  ヘリカル再構成 ,  螺旋対称性 ,  索引作成

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： Python ,  電子顕微鏡 ,  インデクシング ,  螺旋 ,  集合 ,  対称性 ,  グラフィカルユーザインタフェイス