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J-GLOBAL ID：202202283977400559   整理番号：22A1023101

比較ゲノム解析は繊毛原生の遺伝子サイズ染色体上のシス調節要素を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Genome Analysis Reveals Cis-Regulatory Elements on Gene-Sized Chromosomes of Ciliated Protists

著者 (12件)： Zheng Weibo (Laboratory of Marine Protozoan Biodiversity and Evolution, Marine College, Shandong University, Weihai, China) ,  Zheng Weibo (School of Life Sciences, Ludong University, Yantai, China) ,  Zheng Weibo (Institute of Evolution and Marine Biodiversity, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Dou Huan (Laboratory of Marine Protozoan Biodiversity and Evolution, Marine College, Shandong University, Weihai, China) ,  Li Chao (Institute of Evolution and Marine Biodiversity, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Al-Farraj Saleh A. (Zoology Department, College of Science, King Saud University, Riyadh, Saudi Arabia) ,  Byerly Adam (Department of Computer Science, Bradley University, Peoria, IL, United States) ,  Stover Naomi A. (Department of Biology, Bradley University, Peoria, IL, United States) ,  Song Weibo (Laboratory of Marine Protozoan Biodiversity and Evolution, Marine College, Shandong University, Weihai, China) ,  Song Weibo (Institute of Evolution and Marine Biodiversity, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Chen Xiao (Laboratory of Marine Protozoan Biodiversity and Evolution, Marine College, Shandong University, Weihai, China) ,  Li Lifang (Laboratory of Marine Protozoan Biodiversity and Evolution, Marine College, Shandong University, Weihai, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 13  ページ： 775646  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子サイズの染色体は,スピロトリッチとして知られる繊毛虫類における巨核ゲノムの異なる特徴である。これらのナノ染色体はしばしば数キロ塩基対長であり,単一遺伝子のコード領域を含む。しかし,転写がナノ染色体上で調節される方法は,まだほとんど知られていない。ここでは,遺伝子サイズの染色体上の転写調節をより良く理解するために,2種のPseudokeronopsis繊毛虫類のマクロ核ゲノム集合体を作成した。潜在的シス調節エレメントの短いサブテロメア領域内で探索し,各遺伝子の5′と3′末端の両方で両種で保存された異なるATリッチ配列を同定した。さらに,これらの種のトランスクリプトームデータを得て,5′シス調節エレメントが活性遺伝子発現と関連することを示した。遺伝子ファミリー進化分析は,スピロトリッチにおけるナノ染色体がおよそ900百万年前に発生するかもしれないことを示唆する。比較ゲノム解析は,遺伝子サイズの染色体上のシス調節エレメントの生物学的役割への新たな洞察を明らかにする。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生物学 ,  *遺伝子 ,  *染色体 ,  *調節遺伝子 ,  繊毛虫類 ,  転写【遺伝】 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  *繊毛 ,  塩基対 ,  遺伝的調節 ,  遺伝子発現 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 大核 ,  ATリッチ配列 ,  転写調節 ,  遺伝子ファミリー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 繊毛虫類 ,  Pseudokeronopsis carnea ,  Pseudokeronopsis flava ,  系統ゲノミクス ,  ナノ染色体

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (55件)：

• Baek Y.-S., Jung J.-H., Min G.-S. (2011). Redescription of two marine ciliates (Ciliophora: Urostylida: Pseudokeronopsidae), Pseudokeronopsis carnea and Uroleptopsis citrina, from Korea. Anim. Syst. Evol. Diversity 27 220-227. doi: 10.5635/KJSZ.2011.27.3.220
• Bailey T. L., Johnson J., Grant C. E., Noble W. S. (2015). The MEME suite. Nucleic Acids Res. 43 W39-W49. doi: 10.1093/nar/gkv416
• Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A. A., Dvorkin M., Kulikov A. S., et al (2012). SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 19 455-477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021
• Bushmanova E., Antipov D., Lapidus A., Prjibelski A. D. (2019). rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data. Gigascience 8:giz100. doi: 10.1093/gigascience/giz100
• Camacho C., Coulouris G., Avagyan V., Ma N., Papadopoulos J., Bealer K., et al (2009). BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10:421. doi: 10.1186/1471-2105-10-421

タイトルに関連する用語 (7件)： 比較ゲノム ,  解析 ,  繊毛 ,  遺伝子 ,  サイズ ,  染色体 ,  調節要素