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J-GLOBAL ID：202202284801644840   整理番号：22A0944787

照明とPacbioデータを組み合わせたプラナリアDugesia japonicaの全ゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

Whole-genome sequence of the planarian Dugesia japonica combining Illumina and PacBio data

著者 (10件)： Tian Qingnan (School of LifeSciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, Henan, China) ,  Guo Qi (School of LifeSciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, Henan, China) ,  Guo Yanan (School of LifeSciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, Henan, China) ,  Luo Longhai (Beijing igeneCode Biotech Co., Ltd, China) ,  Luo Longhai (Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Kristiansen Karsten (Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Han Zujing (Beijing igeneCode Biotech Co., Ltd, China) ,  Fang Huimin (School of LifeSciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, Henan, China) ,  Zhang Shoutao (School of LifeSciences, Zhengzhou University, Zhengzhou, Henan, China) ,  Zhang Shoutao (Henan Key Laboratory of Bioactive Macromolecules, Zhengzhou, Henan, China)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 114  号： 2  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 幹細胞生物学の進歩は,再生中の全組織および器官形成の基礎となる機構的テーマを明らかにする際の課題を提起している。プラナリアDugesia japonicaは再生と幹細胞生物学の研究のための理想的なモデル生物である。しかし,この種のゲノム資源はまだ限られている。ここでは,単一分子リアルタイムDNA配列決定プラットフォーム太平洋バイオサイエンス(PacBio)配列決定,Illumina対末端配列決定および10×ゲノム連結読取データを組み合わせて,プラナリアD.japonicaの全ゲノム配列を得た。最終集合D.japonicaゲノムは248.44kbのコンティグN50と652.52kbの足場N50を有する1.13Gである。反復要素はゲノムの64.92%を占め,12,031の蛋白質コード遺伝子は注釈され,そのうち10,114の遺伝子が少なくとも1つの機能的アノテーションを持ち,全遺伝子の84.07%を占めた。D.japonicaの高度に隣接するゲノム集合を示した。D.japonicaゲノム集合は,遺伝子アノテーションとトランスクリプトームデータと共に,プラナリアと幹細胞研究の分子機構を研究するための貴重な資源を提供する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  タンパク質 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  太平洋 ,  *プラナリア ,  クローン ,  ライフサイエンス ,  アノテーション ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 器官形成 ,  単一分子 ,  *Dugesia japonica ,  DNA配列 ,  分子機構 ,  *ゲノム配列 ,  コンティグ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 生物情報学 ,  全ゲノム配列決定 ,  機能的アノテーション ,  D.japonica ,  プラナリア

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 照明 ,  プラナリア ,  Dugesia ,  ゲノム配列