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J-GLOBAL ID：202202284822670755   整理番号：22A0647783

トリプシンペプチドの質量分析によるSARS-CoV-2ヌクレオカプシド配列変異体の標的検出【JST・京大機械翻訳】

Targeted Detection of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Sequence Variants by Mass Spectrometric Analysis of Tryptic Peptides

著者 (18件)： Maus Anthony (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Renuse Santosh (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Renuse Santosh (Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Kemp Jennifer (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Madugundu Anil K. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Madugundu Anil K. (Institute of Bioinformatics, Karnataka, India) ,  Madugundu Anil K. (Manipal Academy of Higher Education, Karnataka, India) ,  Madugundu Anil K. (Center for Molecular Medicine, National Institute of Mental Health and Neurosciences, Karnataka, India) ,  Vanderboom Patrick M. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Blommel Joseph (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Jerde Calvin (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Dasari Surendra (Division of Biomedical Statistics and Informatics, Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Kipp Benjamin R. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Laboratory Genetics and Genomics, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Singh Ravinder J. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Grebe Stefan K. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Grebe Stefan K. (Department of Medicine, Division of Endocrinology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Pandey Akhilesh (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Division of Clinical Biochemistry and Immunology, Mayo Clinic, Minnesota, United States) ,  Pandey Akhilesh (Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Minnesota, United States)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 21  号： 1  ページ： 142-150  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： COVID-19ワクチンは,より広く利用可能になっているが,正確で迅速な試験は,重症急性呼吸器症候群コロナウイルス-2(SARS-CoV-2)ウイルスの拡散を遅くする重要なツールである。定量的逆転写-ポリメラーゼ連鎖反応(qRT-PCR)は,最も一般的な試験方法論のままであるが,液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC-MS/MS)および免疫アッセイに基づくアプローチを含むSARS-CoV-2ヌクレオカプシド蛋白質の検出に関して,多くの試験が開発されている。SARS-CoV-2変異体の継続的な出現は,qRT-PCRと抗原検出法の両方がウイルス変異体を欠損する傾向があるので,これらのアプローチを複雑にする。本研究では,臨床鼻咽頭スワブから予想されるペプチド標的を検出することができなかったいくつかのCOVID-19症例について述べる。全ゲノム配列決定は,ウイルスヌクレオカプシド蛋白質をコードする遺伝子の一塩基多型が標的アッセイでモニターされない配列変異体をもたらすことを明らかにした。LC-MS/MS法へのマイナーな修飾は,標的ペプチドの変異体の検出を確実にした。全ウイルスゲノム配列試料のボトムアッププロテオーム解析により,付加的ヌクレオカプシド変異体を検出した。本研究は,アッセイ設計におけるSARS-CoV-2の変異体を考慮することの重要性を示し,それらが進化するにつれて変異体を検出する質量分析に基づくアプローチの柔軟性を強調する。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸 ,  *ペプチド ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  *トリプシン ,  ヌクレオチド配列 ,  ワクチン ,  免疫学的試験 ,  タンデム質量分析 ,  逆転写 ,  PCR法 ,  プロテオミクス ,  一塩基多型
準シソーラス用語： *ヌクレオカプシド ,  ゲノム配列 ,  スワブ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ヌクレオカプシド ,  SARS-CoV-2 ,  単一アミノ酸蛋白質変異体 ,  タンデム質量分析

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 質量分析 ,  SARS-CoV-2 ,  ヌクレオカプシド ,  変異体 ,  標的検出