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J-GLOBAL ID：202202284851634963   整理番号：22A0972156

分子動力学シミュレーションからのプライミング反応のためのSARS-CoV-2の複製-転写複合体への一本鎖ウイルスRNA鋳型の結合への洞察【JST・京大機械翻訳】

Insights into Binding of Single-Stranded Viral RNA Template to the Replication-Transcription Complex of SARS-CoV-2 for the Priming Reaction from Molecular Dynamics Simulations

著者 (9件)： Wang Jimin (Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Shi Yuanjun (Department of Chemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Reiss Krystle (Department of Chemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Allen Brandon (Department of Chemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Maschietto Federica (Department of Chemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Lolis Elias (Department of Pharmacology, Yale University, Connecticut, United States) ,  Konigsberg William H. (Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University, Connecticut, United States) ,  Lisi George P. (Department of Molecular and Cell Biology and Biochemistry, Brown University, Rhode Island, United States) ,  Batista Victor S. (Department of Chemistry, Yale University, Connecticut, United States)
資料名： Biochemistry  (Biochemistry)
巻： 61  号： 6  ページ： 424-432  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0270B  ISSN： 0006-2960  CODEN： BICHAW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウイルスRNAの合成のためのSARS-CoV-2の最小複製-転写複合体(RTC)は,nsp12 RNA依存性RNAポリメラーゼとde novoプライマー合成のための2つのnsp8 RNAプライマーサブユニット,そのアクセサリーnsp7サブユニットとの複合体における1つのnsp8,およびそれのない他のものを含む。RTCは,複製-中間体(RI)鋳型を介して,その最初の5′末端から最後の3′末端ヌクレオチドまでの全(+)センスウイルスゲノムを忠実にコピーする責任がある。RIに対する一本鎖(ss)RNA鋳型は,良く特性化された二次構造に隣接する33ヌクレオチド3′-ポリ-(A)尾部である。ウイルス転写のためのssRNA鋳型は,ステムループ(SL)1′の次に5′-UUUAU-3′である。ウイルスポリ-(A)鋳型を用いたプライミング反応に対処するために,最近発表されたクライオ-EM構造におけるプライマー/鋳型(P/T)RNA二本鎖の鋳型鎖周辺のRTC内のnsp8サブユニットの静電ポテンシャル分布を解析した。P/T RNA二重鎖,ウイルスポリ-(A)鋳型または一般的ssRNA鋳型を用いた分子動力学(MD)シミュレーションを行った。ウイルスポリ-(A)鋳型は,RTC内のP/T RNA二本鎖の鋳型鎖と,主に静電相互作用を介して結合し,RTC内のnsp8サブユニットによるプライミング反応への新たな洞察を提供し,RTC外に形成されたnsp7/nsp8オリゴマーの既存の提案と著しく異なる証拠を見出した。SARS-CoV-2のRTC外で観察されたSARS-CoVに対するnsp8とnsp7の高次オリゴマ化はRTCでは見られず,プライミング反応には関連していなかった。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  静電相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  RNAポリメラーゼ ,  *転写【遺伝】 ,  ヌクレオチド ,  サブユニット ,  二次構造 ,  *複合体 ,  オリゴマ化 ,  *分子動力学 ,  重鎖 ,  プライマー【遺伝】
準シソーラス用語： *ウイルスRNA ,  静電ポテンシャル ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (9件)： 分子動力学シミュレーション ,  プライミング ,  SARS-CoV-2 ,  複製 ,  転写 ,  複合体 ,  ウイルスRNA ,  鋳型 ,  洞察