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J-GLOBAL ID：202202285327208263   整理番号：22A0974285

分子動力学シミュレーションと核磁気共鳴分光法によるヘパリンの立体配座アンサンブルのキャラクタリゼーション【JST・京大機械翻訳】

Characterization of Heparin’s Conformational Ensemble by Molecular Dynamics Simulations and Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

著者 (7件)： Janke J. Joel (Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, New York, United States) ,  Yu Yanlei (Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, New York, United States) ,  Pomin Vitor H. (Department of BioMolecular Sciences, University of Mississippi, Mississippi, United States) ,  Zhao Jing (Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, New York, United States) ,  Wang Chunyu (Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, New York, United States) ,  Linhardt Robert J. (Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, New York, United States) ,  Garcia Angel E. (Center for Nonlinear Studies, Los Alamos National Laboratory, New Mexico, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 18  号： 3  ページ： 1894-1904  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヘパリンは高度に荷電したポリ硫酸化多糖類であり,抗凝固剤として作用する。ヘパリンは体を通して複数の蛋白質に結合し,広範囲の潜在的治療応用を示唆する。その機能は複数の生理学的状況において特性化されているが,ヘパリンの溶液立体配座動力学および構造-機能関係は完全には理解されていない。分子動力学(MD)シミュレーションは,構造-機能関係を理解するために必要な重要な情報を提供する,分子の基礎となる立体配座集合の分析を容易にする。しかし,意味のある結果を与えるMDシミュレーションでは,それらは適切なサンプリングを提供し,分子のエネルギー特性を正確に表す必要がある。本研究の目的は,レプリカ交換分子動力学(REMD)シミュレーションを用いて,GLYCAM06とCHARMM36として知られる炭水化物に対する2つのよく発達した力場を用いてヘパリンの立体配座アンサンブルを比較し,NMR実験でこれらの結果を検証することである。Arixtra(フォンダパリヌクス,ナトリウム)として知られる超低分子量ヘパリンである抗凝固配列を両パラメータセットでシミュレートした。結果は,GLYCAM06がCHARMM36よりもArixtraに対して測定した実験的核磁気共鳴3結合J結合値と一致することを示唆した。さらに,NOESYとROESY実験は,Arixtraがサブミリ秒時間スケールで非常に柔軟であり,25Cでユニークな構造を採用しないことを示唆した。さらに,GLYCAM06はCHARMM36よりもArixtraに対してはるかに動的な立体配座集合を与える。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： NMR【磁気共鳴】 ,  凝固 ,  *シミュレーション ,  *立体配座 ,  *計算機シミュレーション ,  抗凝固薬 ,  タンパク質 ,  *ヘパリン ,  力の場 ,  *分子動力学 ,  NOESY ,  ROESY ,  低分子量ヘパリン
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  レプリカ交換 ,  エネルギー特性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学シミュレーション ,  核磁気共鳴分光法 ,  ヘパリン ,  立体配座 ,  アンサンブル ,  キャラクタリゼーション