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J-GLOBAL ID：202202287143154560   整理番号：22A0415131

ゲノムスケールデータセットにおける偽複製【JST・京大機械翻訳】

Pseudoreplication in genomic-scale data sets

著者 (3件)： Waples Robin S. (NOAA Fisheries, Northwest Fisheries Science Center, Seattle, WA, USA) ,  Waples Ryan K. (Department of Biology, Section for Computational and RNA Biology, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Ward Eric J. (NOAA Fisheries, Northwest Fisheries Science Center, Seattle, WA, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 2  ページ： 503-518  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムスケールデータセットにおいて,遺伝子座は染色体内に密に充填され,従って相関情報を提供する。それらが独立であるならば,遺伝子座を横断するのは,名目上の自由度,dfと比較して,有効自由度(df’)を減じる偽複製を生成する。この問題は,いくつかの時間で知られているが,結果は全ゲノム全体にわたって系統的に定量化されていない。ここでは,遺伝的分化の共通計量(F_ST)に対する偽複製(比df’/dfにより定量)および遺伝子座の対(r2)間の連鎖不均衡の一般的尺度を測定した。モデル(SLiMとmsprim)を用いてシミュレーションされたデータに基づき,個体群系統を正確に制御しながら,効率的な前進時間及び合体シミュレーションを可能にする一方で,平均F_STの分散の低下速度及び平均r2をより多くの遺伝子座を用いて測定することによってdf’及びdf’/dfを推定した。両指数に対して,df’はN_eとゲノムサイズとともに増大した。しかし,大きなN_eと大きなゲノムでも,数千の遺伝子座後の平均r2プラトーに対するdf′と分散成分分析は,制限因子が遺伝子よりむしろサンプリング個体に関連する不確実性であることを示した。偽複製はF_STではそれほど極端でないが,df’/df≦0.01は数十万の遺伝子座を用いてデータセットで生じ得る。一般的に使用されるブロック-ジャックナイフ法は,一貫して,非常に保守的な信頼区間を生成する,var(F_ST)を過大評価する。N_e,L,S,およびゲノムサイズの関数として,著者らのモデリング結果に基づくdfの予測は,ゲノム規模のデータセットに関連する精度を定量化するロバストな方法を提供する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  不確実性 ,  保全 ,  遺伝子 ,  染色体 ,  *ゲノム ,  個体群 ,  自由度 ,  ロバスト性 ,  種分化
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 ,  ゲノムサイズ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 自由度 ,  FST ,  ゲノムサイズ ,  ジャックナイフの分散 ,  連鎖不均衡 ,  Ne ,  シミュレーション

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (1件)： 複製