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J-GLOBAL ID：202202287206177774   整理番号：22A1178389

比較トランスクリプトーム解析は,ピンクフローイチゴの花弁色変化に関与するマイクロRNAの調節的役割を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Transcriptome Analysis Uncovers the Regulatory Roles of MicroRNAs Involved in Petal Color Change of Pink-Flowered Strawberry

著者 (10件)： Yue Jingyu (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Liu Zhixiang (College of Biological Science and Technology, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Zhao Can (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Zhao Jun (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Zheng Yang (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Zhang Hongwei (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Tan Changhua (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Zhang Zhentang (College of Biological Science and Technology, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Xue Li (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China) ,  Lei Jiajun (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 854508  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ピンク開花イチゴは,その高い観賞価値のために,中国で一般的である。本研究では,sRNAome,トランスクリプトーム,および分解プロテオーム配列決定を行い,ピンク開花イチゴにおける花発達中のマイクロRNA(miRNAs)およびそれらの標的遺伝子の機能を理解した。異なる発育段階における花花弁からの9つの小RNAライブラリーと混合分解ライブラリーを構築し,配列決定した。全部で739の既知miRNAと964の新規miRNAを小RNA配列決定により同定し,639のmiRNAを分解データに基づく2,816の標的遺伝子を切断すると同定した。さらに,花発生の種々の段階間で317の差次的発現miRNAを同定し,2,134の差次的発現標的遺伝子を調節した。これらの標的遺伝子は転写調節,フェニルプロパノイド生合成および植物ホルモンシグナル伝達経路において有意に豊富であった。さらに,統合マイクロRNAおよびトランスクリプトーム解析は,98のmiRNAが,アントシアニン蓄積に関連するMYB(26),bHLHs(12),NAC(14)およびSPL(19)を含むいくつかの転写因子を標的とすることを示唆した。さらに,27の差次的に発現したmiRNAは,ホルモン情報伝達経路に関与する23の標的を調節することによってアントシアニン生合成に影響を及ぼす可能性がある。定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)分析は,21のmiRNA-標的対の発現変化を確認した。さらに,候補miRNAの一過性発現を,芽段階でピンク花イチゴ品種「Fenyun」で実施した。FamiR156a,FamiR396e,およびFamiR858_R-2の”Fenyun”における導入は花色強度を増加させたが,FamiR828aの一過性発現は花色強度を減少させた。全体として,本研究は,ピンク開花イチゴにおける花発生と着色の間のアントシアニン生合成,ホルモンシグナル伝達,および調節因子を含むマイクロRNAの調節機能を明らかにする。本研究は,イチゴにおける着色に影響するmiRNAの知識を拡大し,将来の機能的研究のための豊富な資源を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生合成 ,  遺伝子 ,  植物ホルモン ,  *花 ,  ホルモン ,  開花 ,  アントシアニン ,  成長段階 ,  細胞情報伝達 ,  転写因子 ,  *アンチセンスRNA ,  *トランスクリプトーム ,  プロテオーム
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  標的遺伝子 ,  低分子RNA ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ピンクフラワーイチゴ ,  miRNA ,  ハイスループット配列決定 ,  花の色 ,  デグラドーム分析

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (57件)：

• Aharoni A., De Vos C. R., Wein M., Sun Z., Greco R., Kroon A., et al. (2001). The strawberry FaMYB1 transcription factor suppresses anthocyanin and flavonol accumulation in transgenic tobacco. Plant J. 28, 319-332. doi: , PMID: doi: 10.1046/j.1365-313X.2001.01154.x
• Almeida J. R. M., D’Amico E., Preuss A., Carbone F., de Vos C. R., Deiml B., et al. (2007). Characterization of major enzymes and genes involved in flavonoid and proanthocyanidin biosynthesis during fruit development in strawberry (Fragaria × ananassa). Arch. Biochem. Biophys. 465, 61-71. doi: , PMID: doi: 10.1016/j.abb.2007.04.040
• Bai S., Tian Y., Tan C., Bai S., Hao J., Hasi A. (2020). Genome-wide identification of microRNAs involved in the regulation of fruit ripening and climacteric stages in melon (Cucumis melo). Hortic. Res. 7, 1-13. doi: doi: 10.1038/s41438-020-0331-3
• Cai H., Yang C. X., Liu S., Qi H. R., Wu L., Xu L. A., et al. (2019). MiRNA-target pairs regulate adventitious rooting in Populus: a functional role for miR167a and its target auxin response factor 8. Tree Physiol. 39, 1922-1936. doi: , PMID: doi: 10.1093/treephys/tpz085
• Chen C. J., Chen H., Zhang Y., Thomas H. R., Frank M. H., He Y. H., et al. (2020). TBtools: an integrative toolkit developed for interactive analyses of big biological data. Mol. Plant 13, 1194-1202. doi: , PMID: doi: 10.1016/j.molp.2020.06.009

タイトルに関連する用語 (6件)： トランスクリプトーム解析 ,  花弁 ,  色変化 ,  マイクロRNA ,  調節 ,  役割