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J-GLOBAL ID：202202288187601065   整理番号：22A0297417

半数体,二倍体およびプールされたエキソーム捕獲は2つの非モデル樹種における生物学およびパラロジーの特徴を再現する【JST・京大機械翻訳】

Haploid, diploid, and pooled exome capture recapitulate features of biology and paralogy in two non-model tree species

著者 (8件)： Lind Brandon M. (Department of Forest and Conservation Sciences, Centre for Forest Conservation Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Lu Mengmeng (Department of Biological Sciences, University of Calgary, Calgary, AB, Canada) ,  Obreht Vidakovic Dragana (Department of Forest and Conservation Sciences, Centre for Forest Conservation Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Singh Pooja (Department of Biological Sciences, University of Calgary, Calgary, AB, Canada) ,  Booker Tom R. (Department of Forest and Conservation Sciences, Centre for Forest Conservation Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Booker Tom R. (Biodiversity Research Centre, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Aitken Sally N. (Department of Forest and Conservation Sciences, Centre for Forest Conservation Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada) ,  Yeaman Sam (Department of Biological Sciences, University of Calgary, Calgary, AB, Canada)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 1  ページ： 225-238  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 進化を研究するためのそれらの適合性にもかかわらず,多くの針葉樹種は,ゲノムの全部から多様性を捉える高被覆率SNPデータセットを生産するためにハードルを生成する大きな反復ギガゲノム(16~31Gbp)を有する。部分的に複数の古代全ゲノム重複事象,遺伝子ファミリー拡大およびPinaceae内のその後の進化により,パラログコピーのミスアラインメントからの誤った多様性は,配列データから進化の歴史を正確および再現性良く推論する更なる課題を生じる。ここでは,2つの針葉樹種,Douglas-fir(Pseudotsuga menziesii var.menziesii(Mirb.)Franco,Pinaceae)およびジャックパイン(Pinus bankiana Lamb.,Pinaceae)におけるSNPを発見するために,プール-seqおよびexome-捕獲の費用節約利益を利用した。最小限のベースラインフィルタリングを用いて,プールされた個体から推定される対立遺伝子頻度は,モデル生物でなされたそのような比較で,個体と同じ集団(r>0.948)を配列決定することによって推定されたものと強い正の相関を示す。さらに,おそらく誤整列パラログによる部位を同定するための半数体メガガメト植物組織の有用性を強調した。追加のマイナーフィルタリングと共に,著者らは,個体とプールされた配列アプローチの間の大きな周波数推定の不一致を持つ多くの遺伝子座を除去することが可能であることを示し,さらに相関を改善した(r>0.973)。本研究は,大型で複雑なゲノムを持つ非モデル生物における生物情報学的課題に対処し,パラロガスアーチファクトの同定のためのメガガメト植物組織の使用を強調し,プール-seqとエキソーム捕獲の組み合わせが,これらの系におけるさらなる進化的仮説試験に対してロバストであることを示唆する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  フィルタリング ,  仮説検定 ,  ゲノム ,  植物組織 ,  *捕獲 ,  *半数体 ,  *二倍体 ,  針葉樹 ,  ロバスト性 ,  遺伝子頻度 ,  遺伝子重複 ,  アーチファクト ,  周波数推定
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： エクソーム捕獲 ,  非モデル ,  パラロジー ,  マツ科 ,  プール-seq

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 半数体 ,  二倍体 ,  エキソーム ,  捕獲 ,  モデル ,  樹種 ,  生物学