文献

J-GLOBAL ID：202202288602753926   整理番号：22A1025071

ゲノムデータによる鳥類MHCアーキテクチャにおけるマクロ進化パターンの再構築【JST・京大機械翻訳】

Reconstructing Macroevolutionary Patterns in Avian MHC Architecture With Genomic Data

著者 (6件)： He Ke (1College of Animal Science and Technology, College of Veterinary Medicine, Zhejiang Agriculture and Forestry University, Key Laboratory of Applied Technology on Green-Eco-Healthy Animal Husbandry of Zhejiang Province, Hangzhou, China) ,  Liang Chun-hong (1College of Animal Science and Technology, College of Veterinary Medicine, Zhejiang Agriculture and Forestry University, Key Laboratory of Applied Technology on Green-Eco-Healthy Animal Husbandry of Zhejiang Province, Hangzhou, China) ,  Zhu Ying (2Institute of Qinghai-Tibetan Plateau, Southwest Minzu University, Chengdu, China) ,  Dunn Peter (3Behavioral and Molecular Ecology Group, Department of Biological Sciences, University of Wisconsin-Milwaukee, Milwaukee, WI, United States) ,  Zhao Ayong (1College of Animal Science and Technology, College of Veterinary Medicine, Zhejiang Agriculture and Forestry University, Key Laboratory of Applied Technology on Green-Eco-Healthy Animal Husbandry of Zhejiang Province, Hangzhou, China) ,  Minias Piotr (4Department of Biodiversity Studies and Bioeducation, Faculty of Biology and Environmental Protection, University of Lodz, Lodz, Poland)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 823686  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Major組織適合性複合体(MHC)は高多型ゲノム領域であり,脊椎動物適応免疫系の一部を形成し,細胞内および細胞外病原体認識(それぞれMHC-IおよびMHC-IIA/B)に重要である。ハイスループット配列決定法における最近の進歩は,非モデル種におけるMHCに関する研究を火花しているが,MHC遺伝子構造の進化的歴史は鳥類においてまだ十分に理解されていない。ここでは,トリMHC構造におけるマクロ進化パターンを探索するため,第3世代配列決定に基づく利用可能なゲノムから抗原提示MHCとMHC関連遺伝子とのコンティグを検索した。同定した。1)MHC-I,MHC-IIA/IIB及びMHC関連遺伝子間のコンパクトなサイズと緊密な結合を持つ祖先トリMHC構造;2)異なる鳥類系統におけるMHC-IIA/IIBユニット組織の3つの主要なパターン;および3)系統特異的遺伝子転座事象(例えば,パセリンにおけるMHC-I領域からの抗原プロセシングTAP遺伝子の分離),および4)ほとんどの分類群における単一MHC-IIA遺伝子コピーの存在,強い精製選択(低dN/dS比および低数の正選択部位)の証拠を示した。本研究は,鳥類MHC構造における長期マクロ進化パターンを明らかにし,過去100百万年の鳥進化にわたるMHC領域のゲノム配列における重要な遷移の最初の証拠を提供した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  脊椎動物 ,  組織適合性 ,  *鳥類 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  再構成 ,  複合体 ,  病原体 ,  *計算機アーキテクチャ ,  抗原提示
準シソーラス用語： MHC【遺伝子】 ,  ハイスループット ,  ゲノム配列 ,  適応免疫 ,  分類群 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： MHCアーキテクチャ ,  MHC遺伝子構造 ,  鳥類のMHC ,  マクロ進化 ,  第三世代シークエンシングゲノム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (64件)：

• AbduriyimS., ZouD. H., ZhaoH. (2019). Origin and Evolution of the Major Histocompatibility Complex Class I Region in Eutherian Mammals. Ecol. Evol. 9, 7861-7874. doi: 10.1002/ece3.5373
• AlcaideM., LiuM., EdwardsS. V. (2013). Major Histocompatibility Complex Class I Evolution in Songbirds: Universal Primers, Rapid Evolution and Base Compositional Shifts in Exon 3. PeerJ 1, e86. doi: 10.7717/peerj.86
• BalakrishnanC. N., EkblomR., VölkerM., WesterdahlH., GodinezR., KotkiewiczH., et al (2010). Gene Duplication and Fragmentation in the Zebra Finch Major Histocompatibility Complex. BMC Biol. 8, 2929. doi: 10.1186/1741-7007-8-29
• BiedrzyckaA., O’ConnorE., SebastianA., MigalskaM., RadwanJ., ZającT., et al (2017). Extreme MHC Class I Diversity in the Sedge Warbler (Acrocephalus Schoenobaenus); Selection Patterns and Allelic Divergence Suggest that Different Genes Have Different Functions. BMC Evol. Biol. 17, 159. doi: 10.1186/s12862-017-0997-9
• BlumJ. S., WearschP. A., CresswellP. (2013). Pathways of Antigen Processing. Annu. Rev. Immunol. 31, 443-473. doi: 10.1146/annurev-immunol-032712-095910

タイトルに関連する用語 (7件)： ゲノム ,  鳥類 ,  MHC ,  アーキテクチャ ,  マクロ ,  進化 ,  再構築