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J-GLOBAL ID：202202289361975518   整理番号：22A1153895

DNAメタバーコード研究におけるサンプルラベリングとライブラリ準備のための戦略【JST・京大機械翻訳】

Strategies for sample labelling and library preparation in DNA metabarcoding studies

著者 (13件)： Bohmann Kristine (Faculty of Health and Medical Sciences, Section for Evolutionary Genomics, Globe Institute, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Elbrecht Vasco (Department of Environmental Systems Science, ETH Zurich, Zuerich, Switzerland) ,  Caroe Christian (Faculty of Health and Medical Sciences, Section for Evolutionary Genomics, Globe Institute, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Bista Iliana (Department of Genetics, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Bista Iliana (Tree of Life, Wellcome Sanger Institute, Hinxton, UK) ,  Leese Florian (Aquatic Ecosystem Research, Faculty of Biology, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany) ,  Bunce Michael (Trace and Environmental DNA (TrEnD) Laboratory, School of Molecular and Life Sciences, Curtin University, Perth, WA, Australia) ,  Yu Douglas W. (State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming, China) ,  Yu Douglas W. (School of Biological Sciences, Norwich Research Park, University of East Anglia, Norwich, UK) ,  Yu Douglas W. (Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics, Chinese Academy of Sciences, Kunming Yunnan, China) ,  Seymour Mathew (Department of Ecology, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden) ,  Dumbrell Alex J. (School of Life Sciences, University of Essex, Colchester, UK) ,  Creer Simon (Molecular Ecology and Evolution Group, School of Natural Sciences, Bangor University, Gwynedd, UK)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 4  ページ： 1231-1246  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境またはバルク試料から抽出したDNAのメタバーコーディングは,多くの試料からの遺伝子マーカーの配列決定を可能にするその標的性質のため,基礎および応用生物多様性研究における生物相をプロファイル化するのにますます使用されている。これを達成するために,PCR増幅を分類学的グループ内の分類学的に有益なマーカーを標的とするように設計したプライマーを用いて行い,試料特異的ヌクレオチド識別子を配列決定の前にアンプリコンに加えた。後者は,それらが起源とする試料への配列の帰属を可能にした。ヌクレオチド識別子は,メタバーコーディングPCRの間,そして,アンプリコンが配列決定のために準備されたとき,”ライブラリー調製”の間,追加される。このラベリングを達成するための異なる戦略が存在する。全ては,利点,挑戦および限界を持ち,その幾つかは誤った結果に導くことができ,最悪の場合,メタバーコーディングデータの忠実度を妥協する。メタバーコーディングを用いて対処された質問の範囲を考えると,データ生成はロバストであり,選択した目的に適合することは,生物多様性評価のためのメタバーコーディングの採用を追求する実務者にとって極めて重要である。ここでは,Illumina配列決定プラットフォームに関するメタバーコーディング研究における試料特異的標識とライブラリー調製のための3つの主なワークフローの概要を示した。1段階PCR,2段階PCR,および標識PCR。さらに,著者らは,それらの特異的研究に対する適切なメタバーコーディング戦略の選択を追求する研究者の鍵となる考察を蒸留する。最後に,異なるメタバーコーディングワークフローの結果への洞察を得ることにより,著者らは,一連の応用にわたって生物多様性を評価するツールとしてメタバーコーディングの電力をさらに強化することを期待する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 符号化 ,  *DNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  ヌクレオチド ,  ロバスト性 ,  プライマー【遺伝】 ,  PCR法 ,  生物多様性 ,  ワークフロー
準シソーラス用語： 遺伝子マーカ ,  アンプリコン ,  ハイスループット ,  分類学 ,  識別子 ,  バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： アンプリコン配列決定 ,  生物多様性評価 ,  eDNA ,  環境DNA ,  ハイスループット配列決定 ,  イルミネーションシークエンシング ,  図書館準備

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  動物分類学  (EJ01030T)

タイトルに関連する用語 (7件)： DNA ,  バーコード ,  研究 ,  サンプル ,  ラベリング ,  ライブラリ ,  戦略