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J-GLOBAL ID：202202289794524669   整理番号：22A0463712

SMOG2とOpenSMOG:構造ベースモデルの限界の拡張【JST・京大機械翻訳】

SMOG 2 and OpenSMOG: Extending the limits of structure-based models

著者 (17件)： de Oliveira Antonio B. Jr (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Contessoto Vinicius G. (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Hassan Asem (Department of Physics, Northeastern University, Dana Research Center, Boston, Massachusetts, USA) ,  Hassan Asem (Center for Theoretical Biological Physics, Northeastern University, Boston, Massachusetts, USA) ,  Byju Sandra (Department of Physics, Northeastern University, Dana Research Center, Boston, Massachusetts, USA) ,  Byju Sandra (Center for Theoretical Biological Physics, Northeastern University, Boston, Massachusetts, USA) ,  Wang Ailun (Center for Theoretical Biological Physics, Northeastern University, Boston, Massachusetts, USA) ,  Wang Yang (Department of Chemistry, Boston College, Chestnut Hill, Massachusetts, USA) ,  Dodero-Rojas Esteban (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Mohanty Udayan (Department of Chemistry, Boston College, Chestnut Hill, Massachusetts, USA) ,  Noel Jeffrey K. (Crystallography, Max Delbrueck Center for Molecular Medicine, Berlin, Germany) ,  Onuchic Jose N. (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Onuchic Jose N. (Department of Physics & Astronomy, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Onuchic Jose N. (Department of Chemistry, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Onuchic Jose N. (Department of Biosciences, Rice University, Houston, Texas, USA) ,  Whitford Paul C. (Department of Physics, Northeastern University, Dana Research Center, Boston, Massachusetts, USA) ,  Whitford Paul C. (Center for Theoretical Biological Physics, Northeastern University, Boston, Massachusetts, USA)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 31  号： 1  ページ： 158-172  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造ベースの[数式:原文を参照]モデルによるシミュレーションの適用は,生体分子動力学を制御する因子を研究するための有効な戦略であることを証明した。これらのモデルの共通要素は,分子内/分子間相互作用の幾つか(または全て)が,実験的に決定された構造を安定化するために明確に定義されることである。この広範囲のモデルの開発と応用を促進するために,以前にSMOG2ソフトウェアパッケージを公開した。このセットは,任意の型の高分子-配位子系に対して,構造ベース(即ち,SMOG)モデルを容易にカスタマイズし,分布することを可能にする。SMOG 2によって生成された力場は,Gromacs,NAMD,LAMMPS,およびOpenMMのような高度に最適化されたMDパッケージにおけるシミュレーションを実行するために使用できる。ここでは,ソフトウェアへの拡張を記述し,最も最近のバージョン(SMOG v2.42)の能力を実証した。変化は,オープンMMシミュレーションライブラリ(OpenSMOG v1.1.0)とのインタフェイスと同様に,力場のユーザ定義カスタム化を支援する新しいツールを含む。OpenSMOGモジュールは,ソースコード修正なしに,任意のユーザ定義接触ポテンシャルと非結合ポテンシャルをSMOGモデルに採用できる。これらの進歩の有用性を説明するために,著者らは,非構造ベース(例えば,AMBERベース)エネルギー項を含むモデルと同様に,数百万の原子,長いポリマーおよび明示的イオンを有するシステムへの応用を示した。例として,SARS-CoV-2スパイク蛋白質,明示的イオンを有するHIV-1カプシド,およびリボソームと蛋白質の結晶学的格子の大規模再構成を含む。要約すれば,SMOG2とOpenSMOGは,大規模かつ/または複雑な生体分子系に対して構造ベースモデルを開発,適用することを追求する研究者にとってロバストなサポートを提供する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  シミュレーション ,  重合体 ,  分子間相互作用 ,  タンパク質 ,  プログラムパッケージ ,  リボソーム ,  *ソフトウェア ,  力の場 ,  分子動力学 ,  ロバスト性 ,  カプシド
準シソーラス用語： AMBER ,  生体分子 ,  ソースコード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 組立 ,  DNA ,  エネルギー景観 ,  蛋白質 ,  RNA ,  シミュレーション

分類 (5件)： 第6族,第7族元素の錯体  (CE01080F) ,  遷移金属元素(鉄族元素を除く)の錯体の結晶構造  (BK09030X) ,  物理化学一般その他  (CB01030T) ,  半導体薄膜  (BK14040E) ,  計算機利用技術一般  (JE01000C)

タイトルに関連する用語 (3件)： モデル ,  限界 ,  拡張