文献

J-GLOBAL ID：202202290018473279   整理番号：22A1089921

広範囲循環B.1.617.2(デルタ)SARS-CoV-2変異体の迅速検出【JST・京大機械翻訳】

Rapid detection of the widely circulating B.1.617.2 (Delta) SARS-CoV-2 variant

著者 (9件)： Rosato Adriana E. (Department of Pathology, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Msiha Engy (Department of Pathology, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Weng Bruce (Department of Medicine, Infectious Diseases, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Mesisca Michael (Emergency Department, Riverside University Health System, Moreno Valley, CA, USA) ,  Gnass Ronaldo (Department of Pathology, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Gnass Silvia (Infection Prevention and Control, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Bol Cedric (Department of Pathology, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Tabuenca Arnold (Department of Pathology, Riverside University Health System Medical Center, Moreno Valley, CA, USA) ,  Rosato Roberto R. (Houston Methodist Research Institute, Houston, TX, USA)
資料名： Pathology  (Pathology)
巻： 54  号： 3  ページ： 351-356  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0526A  ISSN： 0031-3025  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 2019(COVID-19)に出現した重症急性症候群コロナウイルス(SARS-CoV-2)のB.1.617.2(Delta)変異体の出現は,インドにおける事例の急増をもたらし,米国を含む世界中に拡大して検出された。B.1.617.2(Delta)変異体は,疾患重症度と免疫回避における潜在的増加と2倍以上の伝達性があると見られる。その結果,症例数および入院は,米国における上昇に再度再びある。2021年7月16日に,疾病管理と予防センター(CDC)は,新しい症例の7日平均69.3%増加と入院の35%増加を報告した。SARS-CoV-2変異体同定のための金標準はゲノム配列決定のままであるが,このアプローチは多くの臨床検査室にアクセスできない。本研究の主目的は,B.1.617.2(Delta)変異体の2つのアミノ酸(ΔE156/ΔF157)の欠失に対応するS遺伝子標的破壊(SGTF)を明示的に検出することにより,オープン逆転写ポリメラーゼ鎖反応(RT-PCR)プラットフォームを用いて,B.1.617.2(Delta)変異体の検出を検証し,実行することであった。このアプローチは,ウイルスゲノム配列決定に先立つプレスクリーニングツールとして,CDCの推奨N1(ヌクレオカプシド遺伝子),N2およびRP(ヒトRNアーゼP)遺伝子と組み合わせたB.1.617.2(Delta)変異体の迅速スクリーニングとして考えられた。7月5日から9月5日までの4,937のサンプルを評価した。495の陽性試料(87.8%)の435のB.1.617.2(Delta)変異体を同定した。追加陽性試料(7試料,1.4%)は,B.11.7(Alpha,UK)系統に属し,残りの53試料(10.7%)は,他の系統として報告された。46のランダムに選択した試料の全ゲノム配列決定は,B.1.617.2(Delta)変異体に対して陽性および陰性として同定された菌株を確認し,スパイク蛋白質に位置するL452R,T478K,P681RおよびD950Nを含むB.1.617.2特性変異に加えてS遺伝子欠失を確認した。このモダリティは,ゲノム配列決定の前にプレスクリーニング試料に対するB.1.617.2(Delta)の検出のための方法として,川側大学システム健康(RUHS)医療センターでの日常試験として用いられてきた。分析は,臨床研究室,特に限られた経済資源とゲノムプラットフォームへのアクセスで,容易に実施できる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 金 ,  遺伝子 ,  *突然変異体 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  免疫反応 ,  ゲノム ,  *コロナウイルス科 ,  スクリーニング ,  ビリオン ,  逆転写 ,  PCR法 ,  遺伝子欠損
準シソーラス用語： コロナウイルス ,  ヌクレオカプシド ,  *重症急性呼吸器症候群 ,  ウイルスゲノム ,  ゲノム配列 ,  免疫回避 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： SARS-CoV-2 ,  RT-PCR試験 ,  Delta COVID-19変異体

分類 (3件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  免疫性疾患・アレルギー性疾患の治療  (GD04030Y) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 循環 ,  デルタ ,  SARS-CoV-2 ,  変異体