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J-GLOBAL ID：202202290140679834   整理番号：22A0449265

Vibrio cholerae Na+輸送NADH:キノンオキシドレダクターゼNqrB-NqrDサブユニット界面の分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Molecular dynamics modeling of the Vibrio cholera Na⁺-translocating NADH:quinone oxidoreductase NqrB-NqrD subunit interface

著者 (6件)： Dibrov Alexander (Department of Family Medicine, Max Rady College of Medicine, University of Manitoba, Winnipeg, MB, Canada) ,  Mourin Muntahi (Department of Physiology and Pathophysiology, Faculty of Health Sciences, University of Manitoba, Winnipeg, MB, Canada) ,  Mourin Muntahi (Albrechtsen Research Centre, St. Boniface Hospital, Winnipeg, MB, Canada) ,  Dibrov Pavel (Department of Microbiology, Faculty of Sciences, University of Manitoba, Winnipeg, MB, Canada) ,  Pierce Grant N. (Department of Physiology and Pathophysiology, Faculty of Health Sciences, University of Manitoba, Winnipeg, MB, Canada) ,  Pierce Grant N. (Albrechtsen Research Centre, St. Boniface Hospital, Winnipeg, MB, Canada)
資料名： Molecular and Cellular Biochemistry  (Molecular and Cellular Biochemistry)
巻： 477  号： 1  ページ： 153-165  発行年： 2022年 
JST資料番号： C0452B  ISSN： 0300-8177  CODEN： MCBIB8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Na+移動NADH:キノンオキシドレダクターゼ(Na+-NQR)は,コレラ菌のような好気性病原体における主要なNa+ポンプである。NQRサブユニット,NqrBとNqrDの2つの界面は,Na+-NQRの阻害剤のための結合部位を保持するために提案された。Na+-NQR機能および阻害の根底にある機構は不明であるが,それらの解明は,Na+-NQRを含む病原体に対する臨床使用に適した化合物の設計を促進するであろう。分子動力学シミュレーションでの使用に適したNqrB-D界面のin silicoモデルの構築に成功した。アルゴリズムおよび手動法の組合せを用いて,公表結晶構造で未解決の2つのサブユニットの部分を再構成し,得られた構造を検証した。シミュレーションの効率を改善するハードウェアとソフトウェア最適化を検討し,試験した。再構築した錯体の形状は,公表したV.cholerae Na+-NQR結晶構造と良く匹敵した。1μs,3150nsおよび2つの50ns分子動力学シミュレーションの結果は,システムの安定性を説明し,このモデルの限界を定義した。周期的境界条件下で脂質二分子層に置くと,再構成複合体は少なくとも1μsで完全に安定であった。しかし,NqrB-D界面は350ns後に非生理的転移を受けた。Copyright The Author(s) 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  *界面 ,  結晶構造 ,  最適化 ,  結合部位 ,  *サブユニット ,  複合体 ,  ハードウェア ,  ソフトウェア ,  病原体 ,  *コレラ菌 ,  *分子動力学 ,  脂質二分子膜
準シソーラス用語： in silico ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Na+-NQR ,  コレラ菌 ,  構造 ,  分子動力学 ,  GROMACS ,  FREAD

分類 (3件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： Vibrio ,  輸送 ,  NADH ,  サブユニット ,  界面 ,  分子動力学シミュレーション