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J-GLOBAL ID：202202290276631048   整理番号：22A0646023

有機物への有機カチオン収着を調べるためのツールとしての分子ドッキング【JST・京大機械翻訳】

Molecular Docking as a Tool to Examine Organic Cation Sorption to Organic Matter

著者 (4件)： Scott Sharon E. (Department of Civil, Environmental and Geodetic Engineering, The Ohio State University, Ohio, United States) ,  Fernandez Joseph P. (Department of Chemistry and Biochemistry, The Ohio State University, Ohio, United States) ,  Hadad Christopher M. (Department of Chemistry and Biochemistry, The Ohio State University, Ohio, United States) ,  MacKay Allison A. (Department of Civil, Environmental and Geodetic Engineering, The Ohio State University, Ohio, United States)
資料名： Environmental Science & Technology  (Environmental Science & Technology)
巻： 56  号： 2  ページ： 951-961  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0839A  ISSN： 0013-936X  CODEN： ESTHA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子ドッキングシミュレーションを行い,有機物への収着に及ぼす有機カチオンの構造効果を調べた。ベンジルアミン化合物のセットを用いて,環または窒素置換基間の系統的な構造的差異から生じる収着傾向を評価した。代表的な有機物構造としてSchultenの提案された土壌有機物を用いたAutoDock 4.2を用いて結合シミュレーションを行った。ソルビン酸化合物の計算した結合エネルギーはPahooke泥炭の測定した吸着エネルギーと強く相関し,シミュレートした結合エネルギーとそれらの関連する収着配向が実験条件の代表であることを示した。グラフドッキング配向は,有機物構造のポケットにおいて脱プロトン化カルボン酸基と水素結合相互作用を形成するための一次,二次および第三アミン化合物を示した。第四アンモニウム化合物は,同じ有機物ポケットの他に芳香族基とπ-piまたはカチオン-π相互作用を形成した。リング置換基は,第一アミニウム化合物に対する置換基型による収着エネルギーの明確な傾向を示さなかった。むしろ,置換基はシミュレートしたvan der Waals,静電,水素結合,及び脱溶媒和エネルギー寄与を,化合物間のドッキング配向の変化のため,部分的に変化した。アミニウム窒素基のメチル置換の増加は,van der Waalsエネルギー寄与の増加と,メチル置換基へのアミニウム電荷非局在化とメチル置換基からの立体障害により,全化合物収着エネルギーへの静電エネルギー寄与の減少と関連していた。この知見は,分子ドッキングが有機物との収着相互作用に及ぼす有機カチオン構造の影響を探究するためにどのように使用できるかを示す。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結合エネルギー ,  シミュレーション ,  *収着 ,  水素結合 ,  相互作用 ,  電荷 ,  窒素 ,  *ドッキング ,  アミン ,  モデリング ,  *有機物 ,  *カチオン ,  脱プロトン
準シソーラス用語： *分子ドッキング ,  *有機カチオン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 結合 ,  有機物 ,  カチオン ,  モデリング ,  分子ドッキング

分類 (1件)： 土壌化学  (FB04040C)

タイトルに関連する用語 (5件)： 有機物 ,  有機カチオン ,  収着 ,  ツール ,  分子ドッキング