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J-GLOBAL ID：202202290817179496   整理番号：22A1025561

複数のデータセットの統合解析による乳癌に対するヒト内因性レトロウイルス-K mRNAのスクリーニングと同定【JST・京大機械翻訳】

Screening and Identification of Human Endogenous Retrovirus-K mRNAs for Breast Cancer Through Integrative Analysis of Multiple Datasets

著者 (20件)： Wei Yongzhong (Guangxi Clinical Center for AIDS Prevention and Treatment, Chest Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Liuzhou, China) ,  Wei Huilin (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Wei Yinfeng (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Tan Aihua (Department of Chemotherapy, The Affiliated Tumor Hospital of Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Chen Xiuyong (Guangxi Clinical Center for AIDS Prevention and Treatment, Chest Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Liuzhou, China) ,  Liao Xiuquan (Guangxi Clinical Center for AIDS Prevention and Treatment, Chest Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Liuzhou, China) ,  Xie Bo (Guangxi Medical University School of Information and Management, Nanning, China) ,  Wei Xihua (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Li Lanxiang (Basic Medical College of Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Liu Zengjing (Guangxi Medical University School of Information and Management, Nanning, China) ,  Dai Shengkang (Cancer Hospital, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Khan Adil (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Pang Xianwu (Guangxi Collaborative Innovation Center for Biomedicine (Guangxi-ASEAN Collaborative Innovation Center for Major Disease Prevention and Treatment), Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Hassan Nada M. A. (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Xiong Kai (Guangxi Collaborative Innovation Center for Biomedicine (Guangxi-ASEAN Collaborative Innovation Center for Major Disease Prevention and Treatment), Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Zhang Kai (Guangxi Clinical Center for AIDS Prevention and Treatment, Chest Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Liuzhou, China) ,  Leng Jing (Guangxi Key Laboratory of Translational Medicine for Treating High-Incidence Infectious Diseases With Integrative Medicine, Guangxi University of Chinese Medicine, Nanning, China) ,  Lv Jiannan (Institute of Life Sciences, Guangxi Medical University, Nanning, China) ,  Hu Yanling (Guangxi Clinical Center for AIDS Prevention and Treatment, Chest Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Liuzhou, China) ,  Hu Yanling (Center for Genomic and Personalized Medicine, Guangxi Key Laboratory for Genomic and Personalized Medicine, Guangxi Collaborative Innovation Center for Genomic and Personalized Medicine, Guangxi Medical University, Nanning, China)
資料名： Frontiers in Oncology (Web)  (Frontiers in Oncology (Web))
巻： 12  ページ： 820883  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7089A  ISSN： 2234-943X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:ヒト内因性レトロウイルス(HERV)はヒトゲノムの8%を占める。HERVは複数の疾患に関連する生物活性要素である。HERVのサブファミリーであるHERV-Kはある種の癌と関連し,いくつかの腫瘍における免疫標的として示唆された。乳癌(BCa)におけるHERV-Kの発現レベルは,バイオマーカーおよび免疫学的治療標的として研究されている。しかし,HERV-Kはヒトゲノムにおいて複数のコピーを持ち,BCaに対するヒトゲノムを横断するHERV-Kコピーの転写プロファイルを決定した研究は少ない。【方法】全プロウイルス配列を有する91のHERV-K指数を参照データベースとして使用した。243のBCaと137の対照サンプルによる9つの生配列データセットを,Salmonソフトウェアによってこのデータベースにマッピングした。DESeq2ソフトウェアにより,いくつかのグループにわたる差次的プロウイルス発現を分析した。【結果】まず,各データセットのクラスタ化は,これらの91のHERV-Kプロウイルスが,正常対照が正常細胞または健康なドナー組織であったとき,BCaおよび対照サンプルを良好にクラスタ化できることを示した。第2に,BCaリスクと密接に関連するいくつかの一般的なHERV-Kプロウイルスは,組織および細胞株において有意に差次的に発現した(p_adj<0.05および絶対log2FC>1.5)。加えて,ほとんど全てのHERV-Kプロウイルスは,健康なドナー組織よりBCa組織でより高い発現を示した。特に,TP53に位置する17p13.1プロウイルスの発現は,ER+およびHER2+BCaにおけるTP53発現を調節するべきであることを初めて見出した。結論:これらの91のHERV-Kプロウイルスの発現プロファイリングは,BCaと健常対照者とを識別するためのバイオマーカーとして使用できる。いくつかのプロウイルス,特に17p13.1はBCaリスクと強く関連していた。結果は,HERV-K発現プロファイルがBCaに対する適切なバイオマーカーと標的であることを示唆する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ドナー ,  データベース ,  *mRNA ,  ヒト ,  クラスタ化 ,  ゲノム ,  生物活性 ,  培養細胞 ,  ソフトウェア ,  *レトロウイルス科 ,  プロウイルス ,  *乳房腫瘍 ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： 細胞株 ,  ヒトゲノム ,  *内因性 ,  TP53 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ヒト内在性レトロウイルス-K ,  乳癌 ,  データセット ,  DESeq2 ,  発現

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (43件)：

• Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo M, et al. Cancer Incidence and Mortality Worldwide: Sources, Methods and Major Patterns in GLOBOCAN 2012. Int J Cancer (2015) 136:E359-86. doi: doi: 10.1002/ijc.29210
• Sung H, Ferlay J, Siegel RL, Laversanne M, Soerjomataram I, Jemal A, et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J Clin (2021) 71(3):209-49. doi: doi: 10.3322/caac.21660
• Brouckaert O, Rudolph A, Laenen A, Keeman R, Bolla MK, Wang Q, et al. Reproductive Profiles and Risk of Breast Cancer Subtypes: A Multi-Center Case-Only Study. Breast Cancer Res BCR (2017) 19:119. doi: doi: 10.1186/s13058-017-0909-3
• Dyrstad SW, Yan Y, Fowler AM, Colditz GA. Breast Cancer Risk Associated With Benign Breast Disease: Systematic Review and Meta-Analysis. Breast Cancer Res Treat (2015) 149:569-75. doi: doi: 10.1007/s10549-014-3254-6
• Sun YS, Zhao Z, Yang ZN, Xu F, Lu HJ, Zhu ZY, et al. Risk Factors and Preventions of Breast Cancer. Int J Biol Sci (2017) 13:1387-97. doi: doi: 10.7150/ijbs.21635

タイトルに関連する用語 (9件)： データセット ,  統合解析 ,  乳癌 ,  ヒト ,  内因性 ,  レトロウイルス ,  mRNA ,  スクリーニング ,  同定