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J-GLOBAL ID：202202290958364297   整理番号：22A1024014

単一細胞トランスクリプトームと表面エピトーププロファイリングの組み合わせは乾癬性関節炎の潜在的バイオマーカーを同定し,機械学習による診断を促進する【JST・京大機械翻訳】

Combined Single Cell Transcriptome and Surface Epitope Profiling Identifies Potential Biomarkers of Psoriatic Arthritis and Facilitates Diagnosis via Machine Learning

著者 (25件)： Liu Jared (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Kumar Sugandh (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Hong Julie (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Huang Zhi-Ming (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Paez Diana (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Castillo Maria (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Calvo Maria (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Chang Hsin-Wen (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Cummins Daniel D. (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Chung Mimi (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Yeroushalmi Samuel (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Bartholomew Erin (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Hakimi Marwa (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (3Institute for Human Genetics, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (4Department of Epidemiology and Biostatistics, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (5Institute of Computational Health Sciences, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (6Parker Institute for Cancer Immunotherapy, San Francisco, CA, United States) ,  Ye Chun Jimmie (7Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, CA, United States) ,  Bhutani Tina (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Matloubian Mehrdad (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Matloubian Mehrdad (8Rosalind Russell/Ephraim P Engleman Rheumatology Research Center, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Gensler Lianne S. (2Division of Rheumatology, Department of Medicine, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Liao Wilson (1Department of Dermatology, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States) ,  Liao Wilson (3Institute for Human Genetics, University of California at San Francisco, San Francisco, CA, United States)
資料名： Frontiers in Immunology (Web)  (Frontiers in Immunology (Web))
巻： 13  ページ： 835760  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7074A  ISSN： 1664-3224  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 乾癬性関節炎(PSA)の早期診断は,治療介入の成功に重要であるが,現在,非侵襲的バイオマーカーの不足のため,現在,困難なままである。本研究では,PSA,皮膚乾癬(PSO)単独および健常人の個人の末梢血免疫細胞集団を比較するために,トランスクリプトームおよび細胞表面蛋白質発現の単一細胞プロファイリングを行った。PSA,PSO,および健康な被験者の間で30の免疫細胞型にわたって差次的に発現した遺伝子および蛋白質を同定し,いくつかの細胞型,ならびに細胞の特異的表現型サブセットがこれらのコホート間で豊度が異なることを観察した。PSA,PSO,および健康群の間の細胞型特異的遺伝子および蛋白質発現差を,PSAに対する200の以前に発表された遺伝的リスク因子と共に,機械学習分類を実行するためにさらに使用し,AUROC≧0.87を3群間または特にPSOからPSAを識別するとき,AUROC≧0.87を達成した。本知見はPSAに関連する遺伝子,蛋白質および細胞バイオマーカーのレパートリーを拡大し,この疾患に対する機械学習に基づく診断の有用性を示す。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *細胞 ,  タンパク質 ,  表現型 ,  *乾癬 ,  治療法 ,  母集団 ,  早期診断 ,  *バイオマーカー ,  末梢血 ,  *機械学習 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 免疫細胞 ,  *単一細胞 ,  細胞型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 乾癬性関節炎 ,  乾癬 ,  CITE-seq ,  機械学習 ,  診断試験 ,  単一細胞

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (47件)：

• Mease PJ, Gladman DD, Papp KA, Khraishi MM, Thaçi D, Behrens F, et al. Prevalence of Rheumatologist-Diagnosed Psoriatic Arthritis in Patients With Psoriasis in European/North American Dermatology Clinics. J Am Acad Dermatol (2013) 69:729-35. doi: doi: 10.1016/j.jaad.2013.07.023
• Haroon M, Gallagher P, FitzGerald O. Diagnostic Delay of More Than 6 Months Contributes to Poor Radiographic and Functional Outcome in Psoriatic Arthritis. Ann Rheumatic Dis (2015) 74:1045-50. doi: doi: 10.1136/annrheumdis-2013-204858
• Pennington SR, FitzGerald O. Early Origins of Psoriatic Arthritis: Clinical, Genetic and Molecular Biomarkers of Progression From Psoriasis to Psoriatic Arthritis. Front Med (2021) 8:723944. doi: doi: 10.3389/fmed.2021.723944
• Stuart PE, Nair RP, Tsoi LC, Tejasvi T, Das S, Kang HM, et al. Genome-Wide Association Analysis of Psoriatic Arthritis and Cutaneous Psoriasis Reveals Differences in Their Genetic Architecture. Am J Hum Genet (2015) 97:816-36. doi: doi: 10.1016/j.ajhg.2015.10.019
• FitzGerald O, Haroon M, Giles JT, Winchester R. Concepts of Pathogenesis in Psoriatic Arthritis: Genotype Determines Clinical Phenotype. Arthritis Res Ther (2015) 17:115. doi: doi: 10.1186/s13075-015-0640-3

タイトルに関連する用語 (9件)： 単一細胞 ,  トランスクリプトーム ,  組み合わせ ,  乾癬性関節炎 ,  バイオマーカー ,  同定 ,  機械学習 ,  診断 ,  促進