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J-GLOBAL ID：202202291182568786   整理番号：22A1100045

インドのTharparkar牛品種における遺伝的多様性,連鎖不均衡およびハプロタイプブロック構造のゲノムワイド評価【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide assessment of genetic diversity, linkage disequilibrium and haplotype block structure in Tharparkar cattle breed of India

著者 (10件)： Saravanan K.A. (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Panigrahi Manjit (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Kumar Harshit (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Parida Subhashree (Division of Pharmacology and Toxicology, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Bhushan Bharat (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Gaur G.K. (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Kumar Pushpendra (Division of Animal Genetics, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Dutt Triveni (Livestock Production and Management Section, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Mishra B.P. (Division of Animal Biotechnology, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India) ,  Singh R.K. (Division of Animal Biotechnology, ICAR-Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Bareilly, India)
資料名： Animal Biotechnology  (Animal Biotechnology)
巻： 33  号： 2  ページ： 297-311  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0308A  ISSN： 1049-5398  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝的多様性に関する知識は家畜遺伝資源の管理と持続可能な利用にとって非常に重要である。本研究では,インドのTharparkar牛における遺伝的多様性,ROH,同系交配,連鎖不平衡,有効個体群サイズ,およびハプロタイプブロック構造の包括的ゲノムワイド分析を提示した。本研究で使用した合計24のTharparkar動物を,Illumina butans SNP50アレイで遺伝子型を決定した。品質管理後,HWE,MAF>0.05および遺伝子タイピング率>90%の22,825のバイ対立遺伝子SNPが保持された。全体の平均観察(H_O)と予想ヘテロ接合性(H_E)は,それぞれ0.339±0.156と0.325±0.129であった。平均マイナー対立遺伝子頻度は0.234であり,標準偏差は±0.131であった。合計1832のROHセグメントを同定し,13.87%の最高常染色体被覆を染色体23上で観察した。F_ROH,F_HOM,F_GRMおよびF_UNIによるゲノム同系交配係数推定値は,それぞれ0.0589,0.0215,0.0532および0.0160であった。D’とr2で測定した合計133,532対SNPの全体的な平均連鎖不均衡(LD)は,それぞれ0.6452と0.1339であった。さらに,過去の世代にわたって有効個体群サイズの緩やかな減少を観察した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品質管理 ,  遺伝子型 ,  *ウシ ,  *ゲノム ,  *品種 ,  対立遺伝子 ,  遺伝学実験技術 ,  同系交配 ,  個体群 ,  推定量 ,  常染色体 ,  遺伝子頻度 ,  遺伝資源 ,  *ハプロタイプ
準シソーラス用語： *連鎖不平衡 ,  遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Tharparkarウシ ,  SNP ,  遺伝的多様性 ,  ROH ,  連鎖不均衡 ,  ハプロタイプブロック

分類 (2件)： 牛  (FD02020Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (9件)： インド ,  牛 ,  品種 ,  遺伝的多様性 ,  連鎖不均衡 ,  ハプロタイプ ,  ブロック構造 ,  ゲノム ,  評価