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J-GLOBAL ID：202202291353591015   整理番号：22A0225642

P.aeruginosaのアルカリ性プロテアーゼとその天然ペプチド阻害剤の特異的相互作用:ab initio分子シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Specific interactions between the alkaline protease of P. aeruginosa and its natural peptide inhibitor: ab initio molecular simulations

著者 (8件)： Saito Ryosuke (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan) ,  Imai Kyohei (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan) ,  Yamamoto Shohei (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan) ,  Ezawa Takuya (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan) ,  Sugiyama Satoshi (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan) ,  Evenseth Linn Samira Mari (Department of Medical Biology, Faculty of Health Sciences, UiT The Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Sylte Ingebrigt (Department of Medical Biology, Faculty of Health Sciences, UiT The Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Kurita Noriyuki (Department of Computer Science and Engineering, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan)
資料名： Journal of Molecular Modeling  (Journal of Molecular Modeling)
巻： 28  号： 1  ページ： 10  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4628A  ISSN： 1610-2940  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アルカリ性プロテアーゼアエルギノリジン(APR)は緑膿菌(P.aeruginosa)による免疫系の回避における重要な毒性因子である。P.aeruginosaゲノムはまた,高強力で特異的なAPRペプチド阻害剤(APRin)をコードする。しかし,有意な阻害の構造的理由は明らかにされていない。ab initio分子シミュレーションを用いて,APRとAPRのアミノ酸残基が阻害に最も強く寄与することを明らかにした。APRはリガンド結合部位でZn2+イオンを持ち,ヒスチジンとグルタミン酸残基はZn2+と配位するので,APRとAPRin間の特異的相互作用を解明するためにこれらの配位結合を正確に記述することが重要である。したがって,ab initioフラグメント分子軌道法を用いて電子レベルでの特異的相互作用を調べた。結果は,APRinのN末端でのSer1とSer2がAPRinとAPRの間の結合に著しく寄与することを明らかにした。特に,Ser1は,APRにおいてHis176(Hid),His180(Hid)およびHis186(Hid)の側鎖と同様にZn2+に強く結合する。これはAPRとAPRin間の強い相互作用の主な理由である。結果はまたAPRとの結合に対するAPRinの正に荷電したArg83とArg90残基の顕著な寄与を明らかにした。これらの知見は,強力なAPR阻害剤としての新規小薬剤の設計に有用な情報を提供する。グラフ抽象;Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  強い相互作用 ,  タンパク質 ,  ゲノム ,  緑膿菌 ,  側鎖 ,  配位結合 ,  分子軌道 ,  アミノ酸残基 ,  アミノ酸 ,  窒素複素環化合物 ,  第一アミン
準シソーラス用語： *分子シミュレーション ,  リガンド結合ドメイン ,  グルタミン酸残基 ,  残基 ,  *ペプチド阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 蛋白質-蛋白質相互作用 ,  メタロプロテアーゼ ,  プロトン化 ,  分子シミュレーション ,  フラグメント分子軌道 ,  薬物設計

分類 (1件)： 生物学的機能  (EB03040U)

物質索引 (1件)： ヒスチジン

タイトルに関連する用語 (4件)： アルカリ性プロテアーゼ ,  ペプチド阻害剤 ,  相互作用 ,  分子シミュレーション