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J-GLOBAL ID：202202291782824087   整理番号：22A0946542

HiCARはオープンクロマチン関連ゲノム構成を分析するためのロバストで高感度な方法である【JST・京大機械翻訳】

HiCAR is a robust and sensitive method to analyze open-chromatin-associated genome organization

著者 (19件)： Wei Xiaolin (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Wei Xiaolin (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Xiang Yu (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Xiang Yu (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Peters Derek T. (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Peters Derek T. (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Marius Choiselle (The Cell and Molecular Biology Program, Duke University, Durham, NC 27710, USA) ,  Sun Tongyu (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Sun Tongyu (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Shan Ruocheng (Center for Genetic Medicine Research, Center for Cancer and Immunology Research at Children’s National Medical Center, Washington, DC 20010, USA) ,  Ou Jianhong (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Lin Xin (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Lin Xin (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Yue Feng (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, IL 60611, USA) ,  Li Wei (Center for Genetic Medicine Research, Center for Cancer and Immunology Research at Children’s National Medical Center, Washington, DC 20010, USA) ,  Southerland Kevin W. (Department of Surgery, Division of Vascular and Endovascular Surgery, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Diao Yarui (Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Diao Yarui (Duke Regeneration Center, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA) ,  Diao Yarui (Department of Orthopedic Surgery, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA)
資料名： Molecular Cell  (Molecular Cell)
巻： 82  号： 6  ページ： 1225-1238.e6  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1167A  ISSN： 1097-2765  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シス調節エレメント(cRE)の長距離相互作用は遺伝子調節において中心的役割を果たし,cREはアクセス可能なクロマチン配列として特性化できる。しかし,それらの空間的相互作用を包括的に同定することは技術的に困難である。ここでは,Tn5トランスポザーゼとクロマチン近接ライゲーションを利用する,低入力細胞とのオープンクロマチンアンカー相互作用の分析のための,新しい方法HiCAR(Hi-C,アクセス可能な調節DNA上のHi-C)を報告する。ヒト胚性幹細胞およびリンパ芽球様細胞にHiCARを適用することにより,HiCARは,全ての距離範囲でin situ Hi-Cに匹敵する効率で高分解能クロマチン接触を同定することを示した。興味深いことに,「ポイズ」遺伝子プロモーターはプロモーター-プロモーター相互作用を介して遠位遺伝子の発現を抑制するサイレンサー様機能を示すことを見出した。最後に,HiCARを30,000初代ヒト筋肉幹細胞に適用し,HiCARが低入力一次細胞と臨床試料を用いてクロマチンアクセシビリティとルーピングを解析できることを示した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  芽細胞 ,  *クロマチン ,  細胞 ,  ヒト ,  リンパ球 ,  遺伝的調節 ,  プロモーター領域 ,  遠距離相互作用 ,  高分解能 ,  *ロバスト性 ,  トランスポザーゼ ,  サイレンサー領域
準シソーラス用語： リンパ芽球 ,  *ゲノム構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： HiCAR ,  クロマチンアクセシビリティ ,  クロマチン構成 ,  低入力マルチオミック ,  サイレンサー様プロモーター

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： クロマチン ,  ゲノム構成 ,  分析 ,  ロバスト ,  高感度