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J-GLOBAL ID：202202293251235010   整理番号：22A1025004

ネットワーク解析は,XYR1およびCRE1に関連するTrichoderma harzianum株全体で異なるセルロース分解戦略を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Network Analysis Reveals Different Cellulose Degradation Strategies Across Trichoderma harzianum Strains Associated With XYR1 and CRE1

著者 (11件)： Rosolen Rafaela Rossi (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Rosolen Rafaela Rossi (2Graduate Program in Genetics and Molecular Biology, Institute of Biology, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Aono Alexandre Hild (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Aono Alexandre Hild (2Graduate Program in Genetics and Molecular Biology, Institute of Biology, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Almeida Deborah Aires (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Almeida Deborah Aires (2Graduate Program in Genetics and Molecular Biology, Institute of Biology, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Ferreira Filho Jaire Alves (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Ferreira Filho Jaire Alves (2Graduate Program in Genetics and Molecular Biology, Institute of Biology, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  Horta Maria Augusta Crivelente (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  De Souza Anete Pereira (1Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil) ,  De Souza Anete Pereira (3Department of Plant Biology, Institute of Biology, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, Brazil)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 807243  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子発現が転写因子(TFs)XYR1とCRE1により厳密に制御されるTrichoderma harzianumは加水分解酵素生産の潜在的候補である。ここでは,T.harzianum IOC-3844とT.harzianum CBMAI-0179のネットワーク分析を行い,これらのTFの調節がこれらの株間でどのように変化するかを調べた。さらに,Trichoderma spp.間のXYR1とCRE1蛋白質配列の進化関係を調べた。T.harzianum菌株の結果をTrichoderma atroviride CBMAI-0020,マイコ寄生虫種と比較した。炭水化物活性酵素(CAZyme)をコードする転写物,TFs,輸送体,および未知の機能を持つ蛋白質を,cre1またはxyr1で共発現したが,セルロース分解に間接的に関連する他の蛋白質を同定した。これらのグループの転写産物を記述する濃縮GO項は,全ての株で異なり,両調節因子間の高い類似性を持ついくつかの代謝経路を同定したが,菌株特異的差異を同定した。さらに,CRE1とXYR1サブネットワークは各株で異なるトポロジープロファイルを示し,菌類によるこれらの調節因子の影響の違いを示唆した。cre1およびxyr1群のハブは,セルロース分解に関連するものとして,まだ特性化または記述されていない転写物を含んでいた。第1隣接分析は,cre1とxyr1における共発現転写物のプロファイルの結果を確認した。最短経路の分析は,セルロース分解条件下でアップレギュレートされたCAZymeが両調節因子に最も密接に関連し,そのようなシグナル伝達経路間の新しい標的が発見されたことを明らかにした。評価したT.harzianum株は系統発生的に近接しており,XYR1とCRE1に関連するアミノ酸配列は非常に類似しているが,xyr1とcre1に関連する転写産物のセットは異なり,各T.harzianum株がセルロース分解の特異的調節戦略を用いることを示唆した。より興味深いことに,著者らの知見は,XYR1とCRE1が,評価したT.harzianum株におけるセルロース分解に関連する蛋白質をコードする遺伝子を間接的に調節することを示唆する。セルロース分解過程中の菌類の基本的生物学の改善された理解は,いくつかの生物工学的応用における酵素の使用に寄与し,同じ種の菌株にわたる相違に関するさらなる研究の道を開く。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  *ネットワーク ,  *セルロース ,  *分解 ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  系統発生 ,  代謝経路 ,  *Trichoderma ,  *Trichoderma harzianum ,  遺伝子発現 ,  転写因子
準シソーラス用語： 調節因子 ,  Trichoderma atroviride ,  共発現 ,  *セルロース分解 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Trichoderma harzianum ,  Trichoderma atroviride ,  セルロース ,  転写因子 ,  共発現ネットワーク

分類 (2件)： 生物的防除  (FC05030B) ,  菌類による植物病害  (FC04052Y)

引用文献 (109件)：

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• AlexaA., RahnenfuhrerJ. (2021). topGO: Enrichment Analysis for Gene Ontology. R Package Version 2.44.0. doi: 10.3389/fbioe.2018.00133
• AlmeidaD. A., HortaM. A. C., Ferreira FilhoJ. A., MuradN. F., de SouzaA. P. (2021). The Synergistic Actions of Hydrolytic Genes Reveal the Mechanism of Trichoderma harzianum for Cellulose Degradation. J. Biotechnol. 334, 1-10. doi: 10.1016/j.jbiotec.2021.05.001
• AntoniêtoA. C. C., dos Santos CastroL., Silva-RochaR., PersinotiG. F., SilvaR. N. (2014). Defining the Genome-wide Role of CRE1 during Carbon Catabolite Repression in Trichoderma Reesei Using RNA-Seq Analysis. Fungal Genet. Biol. 73, 93-103. doi: 10.1016/j.fgb.2014.10.009

タイトルに関連する用語 (5件)： ネットワーク解析 ,  Trichoderma ,  株 ,  セルロース分解 ,  戦略