RNAapt3D

• 国立研究開発法人産業技術総合研究所

RNAapt3Dは、RNAアプタマーのデータベースであり、RNA配列や2次/3次構造情報、標的タンパク質、RNA-タンパク質の相互作用ネットワーク情報を含んでいる。RNAアプタマーの3次構造は、与えられたRNA配列情報からRASCLA(モデリングツール)と分子動力学シミュレーションにより多様な2次構造を考慮した上で予測している。このデータベースは、3次構造解析、塩基の反転位置によるモチーフ検索、RNA-タンパク質複合体分子シミュレーションの出発点として利用できる。また、標的分子に対するRNAアプタマー設計の研究を容易にし、候補選択の効率化や生産性の向上が期待される。