- 2019 - 2024 超地球生命体を解き明かすポストコッホ生態学
- 2019 - 2024 ポストコッホ微生物資源の基盤整備
- 2017 - 2021 シロアリ腸内微生物群集の網羅的シングルセル解析による複雑性成立機構の解明
- 2016 - 2018 シロアリ腸内原生生物の細胞内共生スピロヘータ細菌のゲノム動態と種分化
- 2014 - 2017 Bacteroidales目細菌の窒素固定と水素利用の新機能の解明
- 2014 - 2017 昆虫セルロース消化系の効率化に寄与した代謝因子の探索
- 2014 - 2017 One Fungus One Name に対応した酵母の分類体系の完成
- 2013 - 2016 宿主との共進化をメルクマールとした家畜用プロバイオティクスの選抜と機能開発
- 2011 - 2016 先端ゲノム・トランスクリプトーム解析技術を用いた環境微生物の共生原理の解明
- 2011 - 2015 多遺伝子座位配列解析による嫌気性グラム陰性桿菌の種の定義
- 2012 - 2014 シロアリ腸内原生生物群集の遺伝資源の開拓と水平伝播した遺伝子に関する研究
- 2012 - 2013 シロアリ腸内原生生物と細菌の遺伝子水平伝播に関する研究
- 2007 - 2010 シロアリ腸内の原生生物と細胞共生細菌の代謝共生機構の解明
- 2008 - 2009 尿酸の嫌気的微生物分解機構の解明と腸内共生
- 2004 - 2006 シロアリ共生原生生物の水素生成機構の解明
- 2002 - 2005 高効率バイオリサイクル共生システムの解明
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