特許

J-GLOBAL ID：202303006947452006

グアニン四重鎖形成配列予測装置及び機械学習方法、並びに化合物又はその塩、及びグアニン四重鎖結合性リガンド

発明者： 寺 正行 ,  野原 玲奈 ,  佐々木 捷悟 ,  白石 慧 ,  佐竹 炎
出願人/特許権者： 国立大学法人東京農工大学
代理人 (1件)： 弁理士法人平木国際特許事務所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2023-087449
公開番号（公開出願番号）：特開2023-174616
出願日： 2023年05月29日
公開日（公表日）： 2023年12月07日
要約：

【課題】塩基配列でのG4の形成状態を高い精度で予測できるG4形成配列予測装置を提供する。 【解決手段】本発明のG4形成配列予測装置は、5’-N y0 G x1 N y1 G x2 N y2 G x3 N y3 G x4 N y4 -3’で表される塩基配列(塩基配列中、N y0 ~N y4 は塩基数が0以上の任意の配列断片を表し、G x1 ~G x4 は塩基数が2以上のGのみを含む配列断片を表す。)の特徴を示す特徴ベクトルを上記塩基配列の配列データから決定する決定部と、予測モデルを用いることにより、上記特徴ベクトルから上記塩基配列でのグアニン四重鎖の形成状態を予測する予測部と、を備え、上記予測モデルは、上記塩基配列の特徴を示す特徴ベクトルと、上記塩基配列での上記グアニン四重鎖の形成状態を示すG4形成状態情報との組である教師データを用いて機械学習を行うことにより構築された予測モデルであることを特徴とする。 【選択図】図1

請求項（抜粋）：

5’-N y0 G x1 N y1 G x2 N y2 G x3 N y3 G x4 N y4 -3’で表される塩基配列(塩基配列中、N y0 ~N y4 は塩基数が0以上の任意の配列断片を表し、G x1 ~G x4 は塩基数が2以上のGのみを含む配列断片を表す。)の特徴を示す特徴ベクトルを前記塩基配列の配列データから決定する決定部と、 予測モデルを用いることにより、前記特徴ベクトルから前記塩基配列でのグアニン四重鎖の形成状態を予測する予測部と、を備え、 前記予測モデルは、前記塩基配列の特徴を示す特徴ベクトルと、前記塩基配列での前記グアニン四重鎖の形成状態を示すG4形成状態情報との組である教師データを用いて機械学習を行うことにより構築された予測モデルであることを特徴とするグアニン四重鎖形成配列予測装置。

IPC (5件)：

G16B 30/00 ,  C12M 1/00 ,  C12Q 1/68 ,  C07D 263/34 ,  G16B 40/20

FI (5件)：

G16B30/00 ,  C12M1/00 A ,  C12Q1/68 ,  C07D263/34 ,  G16B40/20

Fターム (11件)：

4B029AA07 ,  4B029BB20 ,  4B029FA15 ,  4B063QA13 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR32 ,  4B063QR35 ,  4B063QR90 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01

引用特許：

出願人引用 (1件)

• グアニン四重鎖結合性リガンド
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2020-021316   出願人：国立大学法人東京農工大学

審査官引用 (2件)

• メチル化DNAの解析方法及び解析装置
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2021-007891   出願人：LGJapanLab株式会社, 国立大学法人東京農工大学
• グアニン四重鎖結合性リガンド
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2020-021316   出願人：国立大学法人東京農工大学