PreDom

• 長浜バイオ大学

タンパク質立体構造分類データベース(SCOP、CATH)に登録されている構造ドメインのドメイン-ドメイン相互作用面を収集したデータベースと、ドメインインターフェースの予測、およびマルチドメインタンパク質の全体構造の予測をおこなうWebツールです。
・PreDom:DiD(ドメイン間相互作用部位表示)
相互作用部位のアミノ酸配列とドメイン情報、JSmol による立体構造が表示されます。PDB ID およびドメインリストからの検索が可能です。
・PreDom:Interface(ドメイン間相互作用部位予測)
ドメインの立体構造にもとづいて、2種類のアルゴリズムによりドメインインターフェースを構成するアミノ酸残基を予測します。
・PreDom:Structure(マルチドメインタンパク質構造予測)
個々のドメインの立体構造にもとづいて、マルチドメインタンパク質の全体構造の予測を行います。
・PreDom:Evtrace(進化トレース法による機能部位予測)
タンパク質の進化情報と立体構造情報にもとづいて、タンパク質の機能部位予測を行います。