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J-GLOBAL ID：200901034194227400
Update date: Nov. 07, 2024
Osada Naoki
オサダ ナオキ | Osada Naoki
Affiliation and department：
Homepage URL (1)：
https://sites.google.com/view/nosada17/
Research field (4)：
Systems genomics
, Genomics
, Biodiversity and systematics
, Evolutionary biology
Research keywords (17)：
遺伝子重複
, 遺伝子発現調節
, 再編
, カニクイザル
, CXCL1L
, ケモカイン
, 偽遺伝子
, ゲノム進化
, 翻訳
, CXCL1
, グノム
, 種分化
, 生態学
, 霊長類
, 進化
, 遺伝学
, 遺伝子交流
Research theme for competitive and other funds (14)：
- 2023 - 2028 先史人類による人為的環境形成(動物相)に関する研究
- 2023 - 2028 Integrative Bioarcheology: Reconstruction of Human Prehistory around the Japanese Archipelago
- 2022 - 2026 Comprehensive search and population genetic analysis of virus-like sequences in human genomes
- 2023 - 2026 Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species
- 2022 - 2025 血中exosome内circRNA発現解析による膵癌の診断・予後関連マーカー探索
- 2018 - 2023 Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
- 2018 - 2023 Origin and formation of Yaponesians based on genome sequences
- 2014 - 2017 Theoretical and empirical studies for compensatory molecular evolution
- 2014 - 2017 Integrative study of nucleotide sequence evolution using primate genomes as model
- 2011 - 2016 Analyses of behavior incompatibility triggered by expression changes of pigmentation genes
- 2010 - 2014 Analysis of gene expression network of natural and artificial allotetraploids using next generation sequencers
- 2007 - 2010 動物資源の安定供給に向けた繁殖および品質管理技術の高度化に関する研究
- 2007 - 2008 Birth and Death of Chemokine Family Genes and Gain of Novel Functions
- 2007 - 2008 Inter- and Intra-specific Genetic Diversity in Genus Macaca.
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Papers (93)：
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Zhenxin Fan, Rusong Zhang, Anbo Zhou, Jody Hey, Yang Song, Naoki Osada, Yuzuru Hamada, Bisong Yue, Jinchuan Xing, Jing Li. Genomic Evidence for the Complex Evolutionary History of Macaques (Genus Macaca). Journal of Molecular Evolution. 2024. 92. 286-299
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Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada. Inference of selective forces on house mouse genomes during secondary contact in East Asia. Genome Research. 2024. 34. 366-375
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Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada. Exploring The Interplay Between Scoring Functions and Physico-chemical Properties in Antibody-antigen Docking. IPSJ Transactions on Bioinformatics. 2024. 17. 10-17
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Satoshi D. Ohdachi, Kazumichi Fujiwara, Chandra Shekhar, Nguyn Trưng Sơn, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada. Phylogenetics and Population Genetics of the Asian House Shrew, Suncus murinus-S. montanus Species Complex, Inferred From Whole-Genome and Mitochondrial DNA Sequences, with Special Reference to the Ryukyu Archipelago, Japan. Zoological Science. 2024. 41. 2
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Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada. Advancing Antibody-antigen Interface Analysis in Docking Scoring Functions for Precision Docking Analysis. IPSJ Transactions on Bioinformatics. 2024. 17. 40-47
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MISC (62)：
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藤原一道, 長田直樹. 東アジアのハツカネズミにおける亜種間交雑によるゲノム進化. 実験医学. 2024. 42. 2549-2552
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細川竜聡, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳. De novo Gene Birth:ゲノムの非コード領域から新たに誕生する遺伝子. 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集. 2023. 95th (CD-ROM)
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長田直樹. ソフトウェア紹介13:SLiM-前向きシミュレーターについて. Yaponesian. 2022. 4. はる. 12-13
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細川竜聡, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳. オミックスデータを用いたde novo gene birthメカニズムの探索. 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集. 2022. 94th (CD-ROM)
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長田 直樹. 最先端医療の今 ヤポネシア人の人口・歴史推定. Medical Science Digest. 2021. 47. 9. 476-478
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Books (9)：
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Human Impacts on the Evolution of Rats and Mice in East Asia
Springer Nature 2024 ISBN:9789819768875
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Phylogeographic History of Plants and Animals Coexisting with Humans in Asia
Springer Nature 2024 ISBN:9789819768875
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霊長類学の百科事典 = The encyclopedia of primatology
丸善出版 2023 ISBN:9784621308042
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Encyclopedia of genetics : origin of inheritance and diversity
2022 ISBN:9784621306604
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進化で読み解く バイオインフォマティクス入門
森北出版 2019 ISBN:4627261411
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Lectures and oral presentations (125)：
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次世代シークエンサーを用いたゲノム多様性解析の概要
(第26回日本進化学会神奈川大会 2024)
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Inference of population history and selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia
(SMBE Regional Meeting in Taiwan 2024)
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ゲノムデータのQC,マッピング,バリアントコール,フィルタリング
(第一回統合生物考古学セミナー 2023)
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東アジアにおいて野生ハツカネズミが辿った歴史と進化
(第33回モロシヌス研究会 2023)
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ほぼ中立説と弱有害変異について-霊長類・げっ歯類ゲノム研究の視点から
(日本遺伝学会第95回大会 2023)
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Education (2)：
- 1997 - 2002 東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻
- 1993 - 1997 University of Tokyo
Professional career (1)：
Work history (13)：
- 2023/04 - 現在 札幌医科大学, 非常勤講師
- 2019/04 - 現在 Hokkaido University
- 2024/04 - 名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 非常勤講師
- 2017/09 - 2021/03 Hokkaido University
- 2012/05 - 2020/03 放射線医科学総合研究所 客員研究員
- 2015/04 - 2019/03 Hokkaido University Graduate School of Information Science and Technology
- 2010/01 - 2015/03 National Institute of Genetics, SOKENDAI 助教
- 2011/12 - 2011/12 台湾国立成功大学 客員助理教授
- 2009/01 - 2009/12 台湾国立成功大学 兼任助理教授
- 2005/04 - 2009/12 独立行政法人医薬基盤研究所 研究員
- 2004/10 - 2005/03 国立感染症研究所 研究官
- 2003/03 - 2004/10 シカゴ大学 リサーチアソシエイト
- 2002/04 - 2002/12 東京大学 特別研究員
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Committee career (20)：
- 2022/07 - 2026/06 日本進化学会 代議員
- 2023/04 - 2024/03 日本遺伝学会 評議員
- 2021/04 - 2022/03 日本学術振興会 科学研究費委員会委員・挑戦的研究部会委員・挑戦的研究部会第45小委員会委員(幹事)
- 2020/01 - 2020/12 文部科学省 科研費専門委員会委員
- 2019/01 - 2020/12 日本遺伝学会 評議員
- 2018/08 - 2019/08 第21回日本進化学会大会 大会準備委員長
- 2016/01 - 2019/08 日本進化学会 代議員
- 2017/07 - 2019/06 日本学術振興会 特別研究員等審査会専門委員,卓越研究員候補者選考委員会書面審査員及び国際事業委員会書面審査員・書面評価員
- 2018/06 - 2019/03 原子力規制庁 「染色体線量評価手法の標準化に向けた画像解析技術に係る検討会」委員
- 2018/01 - 2018/12 文部科学省 科研費専門委員会委員
- 2017/01 - 2018/12 日本遺伝学会 評議員
- 2015/10 - 2018/10 先端科学シンポジウム(FoS)シンポジウム事業委員会 プラニンググループメンバー(PGM)
- 2018/08 - 2018/08 日本進化学会 設立時理事
- 2016/01 - 2018/08 日本進化学会 渉外幹事(国内)
- 2017/01 - 2017/12 バイオインフォマティクス学会 2017運営委員
- 2014/01 - 2015/12 日本進化学会 庶務幹事
- 2015/10 - 2015/10 第12回日独先端科学シンポジウム(JGFoS) 研究参加者
- 2011/07 - 2015/07 日本霊長類学会 自然保護幹事
- 2011/01 - 2011/12 国際分子進化学会(SMBE2011) Program Committee
- 2010/01 - 2010/12 国際霊長類学会会議(IPS2010) Scientific Committee
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Awards (3)：
- 2019/07 - 日本学術振興会 特別研究員等審査会専門委員(書面担当)の表彰
- 2014/09 - Genetic Society of Japan The GSJ Award for Young Scientists
- 2007/10 - 日本遺伝学会 ベストペーパー賞 On the correlation between gene expression pattern and selection intensity in the human genome
Association Membership(s) (7)：
THE SOCIETY OF BIOSOPHIA STUDIES
, JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS
, 日本人類学会
, 日本分子生物学会
, 日本霊長類学会
, 日本進化学会
, 日本遺伝学会
