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J-GLOBAL ID：200901039689790870   Update date: Feb. 01, 2024

Shimizu Kana

シミズ カナ | Shimizu Kana
Affiliation and department：
Waseda University

About Waseda University


Homepage URL  (1)： https://iskana.github.io/works.html
Research field  (1)： Biological, health, and medical informatics
Research keywords  (6)： Algorithm ,  Privacy preserving Datamining ,  Datamining ,  Genome data analysis ,  Computational Biology ,  Bioinformatics
Research theme for competitive and other funds  (11)：
  • 2023 - 2026 精密で安全な参照ゲノムの研究
  • 2021 - 2026 圧縮秘匿計算による大規模データ処理
  • 2021 - 2025 圧縮秘匿計算による大規模データ処理
  • 2019 - 2022 プライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発
  • 2021 - 2022 グラフを用いた精密な癌ゲノム配列解析法の研究
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Papers (29)：
  • Nozomi Hasegawa, Kana Shimizu. Efficient Colored de Bruijn Graph for Indexing Reads. J. Comput. Biol. 2023. 30. 6. 648-662
  • Yoshiki Nakagawa, Satsuya Ohata, Kana Shimizu. Efficient privacy-preserving variable-length substring match for genome sequence. (Extended version). Algorithms for molecular biology : AMB. 2022. 17. 1. 9-9
  • Mohammad Nabil Ahmed, Kana Shimizu. Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing. ICISC. 2022. 171-194
  • Yoshiki Nakagawa, Satsuya Ohata, Kana Shimizu. Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence. 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics(WABI). 2021. 2-23
  • Naoki Matsuo, Natsuko Goda, Kana Shimizu, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki. Discovery of cryoprotective activity in human genome-derived intrinsically disordered proteins. International Journal of Molecular Sciences. 2018. 19. 2. E401
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MISC (24)：
  • 清水佳奈, 坂本一憲, 坂本一憲, 笠原雅弘. アルゴリズムの頂が持つ力はいかに?-ゲノコン2021開催記録-. 情報処理. 2022. 63. 7
  • Privacy-Preserving Full-Text Search Based on Secret Sharing. 2019. 2019. 289-296
  • 5分で分かる!? 有名論文ナナメ読み Ferragina, P. and Manzini, G. : Opportunistic Data Structures with Applications : In Proceedings of the 41st Annual Symposium on Foundations of Computer Science (FOCS '00), IEEE Computer Society, Washington, DC, USA pp.390-398 (2000). 2019. 60. 6. 554-556
  • 清水 佳奈. 生体情報セキュリティ. 生体医工学. 2019. Annual57. Abstract. S131_2-S131_2
  • 飯野, 翼, 大上, 雅史, 秋山, 泰, 清水, 佳奈. タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム. 第80回全国大会講演論文集. 2018. 2018. 1. 931-932
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Books (2)：
  • 「個人ゲノム情報の活用とプライバシー保護」, プレシジョン・メディシン ~ビッグデータの構築・分析から臨床応用・課題まで~
    エヌ・ティー・エス 2018 ISBN:9784860435806
  • "POODLE: tools predicting intrinsically disordered regions of amino acid sequence", Protein Structure Prediction 3rd Edition
    Springer 2014 ISBN:9781493903665
Lectures and oral presentations  (8)：
  • Privacy-aware computational genomics
    (SPIEZ Convergence 2018 2018)
  • Privacy-preserving genome sequence search
    (2016 International Workshop on Spatial and Temporal Modeling from Statistical, Machine Learning and Engineering perspectives (STM2016) 2016)
  • Efficient Privacy-Preserving String Search and an Application in Genomics
    (High Throughput Sequencing Algorithms & Applications (HitSeq 2015), A SIG of ISMB/ECCB 2015 2015)
  • Privacy Preserving Similarity Search in Biomedical Data by Homomorphic encryption
    (Biological Data Science 2014)
  • Next generation sequencing data analyses by using ultra-fast all pairs similarity search
    (International Symposium on Single Biomolecule Analysis 2013 2013)
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Education (5)：
  • 2003 - 2006 早稲田大学 理工学研究科 情報ネットワーク専攻
  • 2003 - 2006 Waseda University
  • 2001 - 2003 早稲田大学 理工学研究科 情報科学専攻
  • 2001 - 2003 Waseda University
  • 1997 - 2001 Waseda University School of Science and Engineering
Professional career (1)：
  • Dr.(Eng.) (Waseda University)
Work history (7)：
  • 2018/04 - Waseda University Faculty of Science and Engineering Professor
  • 2016/04 - 2018/03 Waseda University Faculty of Science and Engineering Associate Professor
  • 2013/03 - 2016/03 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Biological Research Institute for Drug Discovery/Computational Biology Research Center Senior Research Scientist
  • 2013/12 - 2015/04 The Sloan-Kettering Institute at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Visiting Investigator
  • 2009/04 - 2013/02 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Computational Biology Research Center Research Scientist
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Committee career (13)：
  • 2023/10 - 現在 国立研究開発法人科学技術振興機構 創発的研究支援事業アドバイザー
  • 2023/04 - 現在 日本学術振興会 産学協力委員会 R053設計・計測・解析の協調プラットフォーム委員会
  • 2023/01 - 現在 国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED) 課題評価委員
  • 2021/04 - 現在 Japanese Society for Bioinformatics Director
  • 2021 - 現在 (JST)さきがけ「社会変革に向けたICT基盤強化」 領域アドバイザ
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Awards (11)：
  • 2022/09 - 公益財団法人KDDI財団 KDDI Foundation Award2022, 業績賞 Society5.0時代の生命科学を支えるプライバシ保護技術の研究
  • 2021 - 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 ・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)優秀ポスター賞
  • 2019 - コンピュータセキュリティシンポジウム2019(CSS2019)奨励賞
  • 2018/04 - 平成30年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術賞(研究部門)
  • 2016/10 - 生命医薬情報学連合大会2016年大会 研究奨励賞
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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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