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J-GLOBAL ID:200901050268195802   Update date: Jul. 01, 2020

Akira Funahashi

フナハシ アキラ | Akira Funahashi
Affiliation and department:
Job title: Associate Professor
Homepage URL  (2): https://fun.bio.keio.ac.jp/https://fun.bio.keio.ac.jp/
Research field  (2): Biological, health, and medical informatics ,  Systems genomics
Research keywords  (3): Computational Biology ,  Quantitative Biology ,  Systems Biology
Research theme for competitive and other funds  (21):
  • 2020 - 2023 深層学習を用いた細胞追跡アルゴリズムの開発
  • 2019 - 2022 力学刺激の知能化によるin vitro3次元組織の超効率的成熟化
  • 2019 - 2021 深層学習を用いたヒトES,iPS細胞由来心筋細胞の分化、成熟度評価法の開発
  • 2017 - 2021 Gene regulatory networks underlying 3-D conformational change in genome associated with anhydrobiosis
  • 2017 - 2021 Gene regulatory networks underlying 3-D conformational change in genome associated with anhydrobiosis
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Papers (107):
  • Takahiro G. Yamada, Axel Imhof, Yusuke Hiki, Noriko F. Hiroi, Elena Shagimardanova, Oleg Gusev, Richard Cornette, Takahiro Kikawada, Akira Funahashi. Identification of a master transcription factor and a regulatory mechanism for desiccation tolerance in the anhydrobiotic cell line Pv11. PLOS ONE. 2020. 15. 3. e0230218
  • Tsuyoshi Iwasaki, Ryo Takiguchi, Takumi Hiraiwa, Takahiro G. Yamada, Kazuto Yamazaki, Noriko F. Hiroi, Akira Funahashi. Neural Differentiation Dynamics Controlled by Multiple Feedback Loops in a Comprehensive Molecular Interaction Network. Processes. 2020
  • Maya Ooka, Yuta Tokuoka, Shori Nishimoto, Noriko Hiroi, Takahiro G Yamada, Akira Funahashi. Deep Learning for Non-Invasive Determination of the Differentiation Status of Human Neuronal Cells by Using Phase-Contrast Photomicrographs. Applied Sciences. 2019
  • Kaito Ii, Kota Mashimo, Mitsunori Ozeki, Takahiro G. Yamada, Noriko Hiroi, Akira Funahashi. XitoSBML: A Modeling Tool for Creating Spatial Systems Biology Markup Language Models From Microscopic Images. Frontiers in Genetics. 2019
  • Shori Nishimoto, Kaiming Li, Yuta Tokuoka, Takahiro G. Yamada, Noriko F. Hiroi, Akira Funahashi. Predicting the future direction of cell movement with convolutional neural networks. PLOS ONE. 2019. 14. 9. e0221245
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MISC (11):
  • 山田 貴大, 舟橋 啓, 黄川田 隆洋. ネムリユスリカの培養細胞の乾燥耐性に迫る. バイオサイエンスとインダストリー(B&I). 2019. 77. 4
  • 舟橋 啓, 徳岡 雄大, 大岡 麻耶, 西本 勝利, 山田 貴大, 広井 賀子. 【病理形態学の新技術】画像解析と深層学習を用いた診断の基礎. 病理と臨床. 2019. 37. 7. 631-635
  • Funahashi Akira, Hiroi Noriko. Simulation technology and its application in Systems Biology. Folia Pharmacologica Japonica. 2016. 147. 2. 101-106
  • 小林 徹也, バシャール・カイルル, 舟橋 啓, 藤森 俊彦, 山縣 一夫. 【バイオイメージング】定量的生命科学のためのバイオ画像解析とその哺乳類発生動態への応用. MEDICAL IMAGING TECHNOLOGY. 2015. 33. 3. 84-89
  • 舟橋 啓. 【生命動態システム科学】定量生物学 分子・細胞の計測 基本技術 生命現象のシステムレベルでの理解に向けた基盤技術開発. 生体の科学. 2014. 65. 5. 388-389
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Books (8):
  • 組織としての生命
    慶應義塾大学出版会 2019
  • バイオインフォマティクス入門
    慶應義塾大学出版会 2015
  • Modeling and Simulation Using CellDesigner
    Springer 2014 ISBN:9781493908042
  • Introduction to Systems Biology
    Humana Press 2007 ISBN:1588297063
  • Introduction to Systems Biology
    Humana Press 2007 ISBN:1588297063
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Lectures and oral presentations  (67):
  • 腫瘍内不均一性を考慮した予後の予測に向けた深層学習ベースの組織画像解析
    (群馬大学数理データ科学教育研究センター主催第1回レギュラトリー サイエンスセミナー 2019)
  • 機械学習による画像分類
    (AIによる生物画像解析トレーニングコース 2019)
  • Inference of transcriptional regulatory network driven by desiccation and rehydration in Polypedilum vanderplanki
    (Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2019 2019)
  • Mathematical Modeling with CellDesigner.
    (Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology 2019)
  • CellDesigner: A modeling tool for biochemical networks
    (COMBINE 2019 2019)
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Education (3):
  • 2000 - Keio University Graduate School, Division of Science and Engineering Dept. of Computer Science
  • 1997 - Keio University Graduate School, Division of Science and Engineering Dept. of Computer Science
  • 1995 - Keio University Faculty of Science and Engineering 電気工学科
Professional career (1):
  • Ph.D. (Keio University)
Work history (11):
  • 2017/04/01 - 現在 山口大学大学院 非常勤講師
  • 2015/08 - 現在 Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (OIST) 特別講師
  • 2009/04 - 現在 Associate Professor, Dept. of Biosciences and Informatics, Keio University
  • 2007/04/01 - 現在 The Systems Biology Institute(SBI) Visiting Scientist
  • 2007/04 - 2009/03 慶應義塾大学理工学部生命情報学科専任講師
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Committee career (23):
  • 2020/05 - 現在 Google Summer of Code 2020 Google Summer of Code Mentors
  • 2019/04/01 - 現在 Japan Science and Technology Agency JST未来事業「共通基盤」領域 専門アドバイザー
  • 2011/02 - 現在 Frontiers Frontiers in Systems Biology Associate Editor
  • 2011/02 - 現在 Frontiers Frontiers in Systems Biology Associate Editor
  • 2008 - 現在 Japanese Society for Quantitative Biology Core member of Japanese Society for Quantitative Biology
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Awards (1):
  • 2015/10/31 - Japan Society for the Promotion of Science 平成27年度科学研究費審査委員表彰
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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