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J-GLOBAL ID：200901073901302273   Update date: Aug. 25, 2024

Kurata Hiroyuki

クラタ ヒロユキ | Kurata Hiroyuki
Affiliation and department：
Kyushu Institute of Technology

About Kyushu Institute of Technology


Homepage URL  (2)： http://labo.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index.html ,  http://labo.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index-e.html
Research field  (3)： Applied biofunctional and bioprocess engineering ,  Medical systems ,  Biological, health, and medical informatics
Research keywords  (6)： AI ,  Simulation ,  Design ,  Biochemical Engineering ,  Bioinformatics ,  Systems Biology
Research theme for competitive and other funds  (22)：
  • 2013 - 現在 翻訳後・分泌プロセスを含む生化学ネットワークに基づく抗体生産モデルの開発
  • 2022 - 2027 オミックスを統合するヒト全身代謝マルチスケール動力学モデルの開発
  • 2019 - 2022 Structure-based Computer-Aided Drug Design with a Deep Neural Network Approach
  • 2019 - 2022 Development of a large-scale kinetic model of human organ systems
  • 2017 - 2020 Development of neural network model for prediction of recovery from spinal cord
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Papers (197)：
  • Hiroyuki Kurata, Md. Harun-Or-Roshid, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda. PredIL13: Stacking a variety of machine and deep learning methods with ESM-2 language model for identifying IL13-inducing peptides. PLOS ONE. 2024. 19. 8. e0309078-e0309078
  • Hiroyuki Kurata, Md Harun-Or-Roshid, Md Mehedi Hasan, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda, Balachandran Manavalan. MLm5C: A high-precision human RNA 5-methylcytosine sites predictor based on a combination of hybrid machine learning models. Methods. 2024
  • Kazuhiro Maeda, Masashi Hirano, Taka Hayashi, Midori Iida, Hiroyuki Kurata, Hiroshi Ishibashi. Elucidating Key Characteristics of PFAS Binding to Human Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha: An Explainable Machine Learning Approach. Environmental science & technology. 2023
  • Md Harun-Or-Roshid, Kazuhiro Maeda, Phan Thi Le, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata. Stack-DHUpred: Advancing the accuracy of dihydrouridine modification sites detection via stacking approach. Computers in Biology and Medicine. 2023. 107848-107848
  • Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata. Automatic Generation of SBML Kinetic Models from Natural Language Texts Using GPT. International Journal of Molecular Sciences. 2023. 24. 8. 7296-7296
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MISC (20)：
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Patents (2)：
  • Simulator, Method and Recording Medium For Simulating a Biological System
  • 生命システムシミュレータ及び生命システムシミュレーション方法並びに記録媒体
Books (10)：
  • BIODESIGN
    2015
  • システム工学的アプローチを用いた細胞モデリング,In 抗体医薬における細胞構築・培養・ダウンストリームのすべて(ファインケミカルシリーズ)
    シーエムシー出版 2015
  • Modularity of biochemical networks, Technological Advancements in Biomedicine for Healthcare Applicationsm. In: Biomedical Engineering and Cognitive Neuroscience for Healthcare: Interdisciplinary Applications
    IGI Global 2012
  • システム工学的アプローチを用いた細胞設計,In 抗体医薬のための細胞構築と培養技術(ファインケミカルシリーズ),監修:大政健史
    シーエムシー出版 2010
  • コンピュータエイデッドなバイオシステムの構築, In: バイオプロセスシステム
    シーエムシー出版 2009
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Lectures and oral presentations  (123)：
  • 嫌気好気条件下での回分培養大腸菌の代謝動力学モデル
    (化学工学会第83回年会 2018)
  • A critical evaluation of bioinformatics tools for the prediction of protein succinylation sites
    (Conference of Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP2017) 2017)
  • スマートセルインダストリーを指向した中心代謝系の定量的モデル
    (第6回生命医薬情報学連合大会 2017)
  • ネガティブフィードバック構造に基づく生物振動子の周期調節可能性の解析
    (情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017)
  • 中心代謝反応系のコンピュータモデル:酸素制限下での発酵性能
    (情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017)
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Works (15)：
  • BioFNet Biological functional network database
    2013 - 現在
  • ゲノムスケールヒト代謝のdFBAモデル開発と多剤併用療法への応用
    2016 - 2019
  • ノイズが引き起こす確率的挙動を考慮した生体分子ネットワークの実用的設計
    2014 - 2017
  • バーチャルメタボリズム:代謝システムの標準ダイナミックモデル開発
    2013 - 2016
  • メタボロームを代謝ネットワークへ統合する数理モデルの開発
    2011 - 2013
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Education (2)：
  • - 1993 The University of Tokyo Graduate School, Division of Engineering Chemical Engineering
  • - 1988 The University of Tokyo Faculty of Engineering Chemical Engineering
Professional career (1)：
  • Doctor of Engineering (The University of Tokyo)
Work history (8)：
  • 2019/04/01 - 現在 Kyushu Institute of Technology Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Bioscience and Bioinformatics Professor
  • 2012/04/01 - 現在 Kyushu Institute of Technology Biomedical Informatics R&D Center
  • 2008/04/01 - 2019/03/31 Kyushu Institute of Technology Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Bioscience and Bioinformatics Professor
  • 2011/04/01 - 2012/03/31 Kyushu Institute of Technology School of Computer Science and Systems Engineering
  • 2006/04/01 - 2008/03/31 Kyushu Institute of Technology School of Computer Science and Systems Engineering Professor
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Association Membership(s) (5)：
The Society of Chemical Engineers ,  The Molecular Biology Society of Japan ,  The Society for Biotechnology, Japan ,  Japanese Society of Bioinformatics ,  情報処理学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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