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J-GLOBAL ID：200901094974985201
Update date: Mar. 07, 2024
Yamagata Yuriko
ヤマガタ ユリコ | Yamagata Yuriko
Affiliation and department：
Job title：
Professor
Research field (2)：
Biophysics
, Pharmaceuticals - analytical and physicochemistry
Research keywords (2)：
構造生物学
, Structural Biology
Research theme for competitive and other funds (39)：
- 2013 - 2018 中性子と放射光の連携利用によるタンパク質反応プロセスの解明
- 2010 - 2016 Replication, repair and transcription; coupling mechanisms and chromatin dynamics for genome integrity
- 2010 - 2015 Structural Biology of Chromatin remodeling
- 2010 - 2012 Structural insight into the signal transduction mechanism of TRAF6related proteins
- 2007 - 2008 膜に関わる蛋白質の構造生物学的研究
- 2007 - 2008 Structural Basis for diverse functions of the Rad18 protein
- 2006 - 2007 がん化に関わる蛋白質の立体構造に基づく機能制御
- 2006 - 2007 自然突然変異抑制に働く8-oxo-dGTPaseの加水分解機構の解明
- 2005 - 2006 核膜を介した双方向輸送に関わる蛋白質の多様な相互作用の構造生物学的研究
- 2005 - 2005 がん化に関わる転写因子の立体構造に基づく機能解明と阻害剤の接計
- 2004 - 2005 自然突然変異抑制に働く8-oxo-dGTPaseの加水分解反応機構の解明
- 2004 - 2004 核膜を介した双方向輸送に関わる蛋白質の多様な相互作用の構造生物学的研究
- 2003 - 2004 Structural Basis for mechanisms of preventing genomic instability
- 2001 - 2002 造血幹細胞から巨核球への分化に関わる蛋白質群の3次元構造と機能
- 2001 - 2001 安定性指標に基づく蛋白質立体構造予測法の確立
- 2000 - 2000 ゲノム配列データからファミリーを効率よく検索するシステム開発のための基盤研究
- 2000 - 2000 安定性指標に基づく蛋白質立体構造予測法の確立
- 1999 - 2000 造血幹細胞から巨核球への分化に関わる蛋白質群の3次元構造と機能
- 1999 - 2000 Structural basis for the excision repair of DNA glycosylse superfamily members
- 1999 - 1999 自然突然変異抑制に働く8-oxo-dGTPaseの3次元構造に基づく機能解明
- 1998 - 1998 自然突然変異抑制に働く8-oxo-dGTPaseの3次元構造に基づく機能解明
- 1995 - 1998 タンパク質立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構
- 1996 - 1997 The X-ray diffraction study of the MutT protein that prevents A : T to C : G mutation
- 1996 - 1996 3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼの反応機構
- 1995 - 1995 3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼの反応機構
- 1994 - 1994 3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼのX線構造解析
- 1994 - 1994 アルキル化DNA修復酵素の三次元構造と機能
- 1994 - 1994 蛋白質立体構造の安定化に果たす疎水性残基の役割
- 1993 - 1994 The X-ray Structure determination of Alkylated DNA Base Excision Repair Enzymes
- 1993 - 1993 機能性RNA分子の原子レベルでの構造
- 1993 - 1993 大腸菌アルキル化DNA修復酵素の三次元構造と機能
- 1992 - 1992 機能性RNA分子のX線構造解析
- 1992 - 1992 RNA分子機能ドメインのコンフォメーション解析
- 1991 - 1991 機能性RNA分子のX線構造解析
- 1989 - 1991 X-ray Structural Studies of Antigen-Antibody Complex Toward Malaria Vaccine Development.
- 1988 - 1988 アルキル化DNA修復酵素の高次構造と機能に関する研究
- 1987 - 1987 アルキル化DNA修復酵素系遺伝子発現調節蛋白質の作用機構に関する構造化学的研究
- 1986 - 1987 Structual Studies for Nucleic Acids Conformation as Genetic Signal and Regulational Signal
- 1986 - 1986 アルキル化核酸とアルキル化DNA修復酵素の相互認識機構に関する構造化学的研究
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Papers (101)：
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Teruya Nakamura, Chiaki Ohyama, Madoka Sakamoto, Tsugumasa Toma, Hiroshi Tateishi, Mihoko Matsuo, Mami Chirifu, Shinji Ikemizu, Hiroshi Morioka, Mikako Fujita, et al. TIFAB regulates the TIFA-TRAF6 signaling pathway involved in innate immunity by forming a heterodimer complex with TIFA. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2024. 121. 11
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Teruya Nakamura, Yukari Koga-Ogawa, Kana Fujimiya, Mami Chirifu, Masataka Goto, Shinji Ikemizu, Yusaku Nakabeppu, Yuriko Yamagata. Protonation states of Asp residues in the human Nudix hydrolase MTH1 contribute to its broad substrate recognition. FEBS Letters. 2023
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Teruya Nakamura, Yuriko Yamagata. Visualization of mutagenic nucleotide processing by Escherichia coli MutT, a Nudix hydrolase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2022. 119. 21. e2203118119
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Yoshihiro Kobashigawa, Toshiya Ohara, Kosuke Morita, Yuya Toyota, Teruya Nakamura, Shunsuke Kotani, Takao Arimori, Soichiro Yamauchi, Chenjiang Liu, Masaya Kitazaki, et al. Molecular recognition of a single-chain Fv antibody specific for GA-pyridine, an advanced glycation end-product (AGE), elucidated using biophysical techniques and synthetic antigen analogues. Journal of biochemistry. 2021. 170. 3. 379-387
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Yoshihiro Yamaguchi, Koichi Kato, Yoshimi Ichimaru, Wanchun Jin, Misa Sakai, Miki Abe, Jun-ichi Wachino, Yoshichika Arakawa, Yukina Miyagi, Masanori Imai, et al. Crystal Structures of Metallo-β-Lactamase (IMP-1) and Its D120E Mutant in Complexes with Citrate and the Inhibitory Effect of the Benzyl Group in Citrate Monobenzyl Ester. Journal of Medicinal Chemistry. 2021. 64. 14. 10019-10026
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MISC (52)：
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Atsushi Nakagawa, John R. Helliwell, Yuriko Yamagata. Diffraction structural biology - an introductory overview. Acta Crystallographica Section D Structural Biology. 2021. 77. 3. 278-279
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Fujii Takao, Hira Daisuke, Nakamura Teruya, Yamagata Yuriko, Furukawa Kenji. 1P-063 Structure and function of two mono heme c-type cytochromes from the anammox bacterium strain KSU-1. 2015. 67. 104-104
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YOSHIASA Akira, YAMAGATA Yuriko, IKENAGA Shinji, ISOBE Hiroshi. The Report on Kumamoto University Special Events IYCr2014: "Crystallography Now and in the Beginning" and "Torahiko Terada in Kumamoto". Nihon Kessho Gakkaishi. 2014. 56. 6. 359-360
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山縣ゆり子. 構造生物学の歴史と進展. ファルマシア. 2014. 50. 393-397
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NAKAMURA Teruya, YAMAGATA Yuriko, YANG Wei. Watching DNA Polymeraseη Make a Phosphodiester Bond. Seibutsu Butsuri. 2013. 53. 53. 254-257
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Books (10)：
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Protein Modifications in Pathogenic Dysregulation of Signalingg (J. Inoue, & M. Takekawa, eds)
Springer 2015
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日本の結晶学II ~輝かしき発展~
日本結晶学会 2014
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薬学用語辞典
東京化学同人 2012
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薬学物理化学演習第3版
廣川書店 2011
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薬学物理化学第5版
廣川書店 2011
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Lectures and oral presentations (90)：
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ゲノムの安定性に関わる酵素の機能解明と中性子構造解析の展望
(平成30年度第1回構造生物学研究会 2018)
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ゲノムの安定性に関わる酵素の構造生物学
(平成30年度 X線の会 2018)
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酸化ヌクレチド分解酵素の基質認識と反応過程
(平成29年度第3回(19回)iBIX研究会 2018)
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創薬標的酵素の基質認識に関わる水素の位置を決める試み
(「光・量子融合連携研究開発プログラム」第3回合同研究会 2017)
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High resolution and time-resolved X-ray crystallographic study on enzymatic reaction of human MTH1
(2017)
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Education (3)：
- 1977 - 1980 Osaka University Graduate School of Pharmaceutical Sciences
- 1975 - 1977 Osaka University
- 1971 - 1975 Osaka University Faculty of Pharmaceutical Science
Work history (6)：
Committee career (22)：
- 2017 - 2021 高輝度光科学研究センターSPring-8選定委員会委員
- 2017 - 2020 日本学術振興会科学研究費委員会 専門委員
- 2012 - 2020 科学技術振興機構 CREST領域アドバイザー
- 2006 - 2020 日本学術会議 連携会員
- 2018 - 文部科学省 科学技術・学術審議会 専門委員
- 2015 - 2017 大学改革支援・学位授与機構 国立大学教育評価委員会専門委員
- 2007 - 2017 州シンクロトロン光研究センターシン クロトロン光大学連携会議幹事
- 2013 - 2015 日本学術振興会特別研究員等審査会 専門委員
- 2015 - 大学改革支援・学位授与機構 大学機関別認証評価委員会専門委員
- 2010 - 2014 自然科学研究機構分子科学研究所運営会議委員
- 2009 - 2013 宇宙航空研究開発機構 WG委員
- 2007 - 2013 高エネルギー加速器研究機構 放射光共同利用実験審査委員会委員
- 2013 - 文部科学省 科学技術・学術審議会 専門委員
- 2010 - 2012 日本学術振興会科学研究費委員会 専門委員
- 2012 - 文部科学省 科学技術・学術審議会 専門委員
- 2008 - 2010 日本学術振興会特別研究員等審査会 専門委員
- 2008 - 2010 文部科学省大学設置・学校法人審議会専門委員
- 2006 - 2007 文部科学省 科学技術・学術審議会 専門委員
- 2005 - 2007 日本学術振興会特別研究員等審査会 専門委員
- 2005 - 2007 日本学術振興会科学研究費委員会 専門委員
- 2002 - 2004 日本学術振興会特別研究員等審査会 専門委員
- 2002 - 2004 日本学術振興会科学研究費委員会 専門委員
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Awards (3)：
- 2010/08 - 日本学術振興会 平成21年度特別研究員等審査会専門委員(書面担当)表彰
- 2002/03 - 日本薬学会 平成14年度日本薬学会学術振興賞 X線回折法を用いたタンパク質の機能、並びに物性に関する立体構造基盤研究
- 1997/11 - 日本結晶学会 平成9年度日本結晶学会賞 アルキル化DNA 修復酵素の構造と機能に関する研究
Association Membership(s) (8)：
情報計算化学生物学会
, 日本放射光学会
, 日本蛋白質学会
, 日本分子生物学会
, 日本生化学会
, 日本生物物理学会
, 日本結晶学会
, 日本薬学会
